fastaq-filter - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

fastaq_filter - توالی ها را فیلتر کنید تا زیر مجموعه ای از آنها به دست آورید

شرح

استفاده: fastaq_filter [گزینه‌ها]

یک فایل دنباله را بر اساس طول دنباله و/یا با نامی که با یک عبارت منظم مطابقت دارد فیلتر می کند

موقعیتی استدلال ها:
infile نام فایل ورودی که باید فیلتر شود

مجموعه
نام فایل خروجی

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

--min_length INT
حداقل طول دنباله برای حفظ [0]

--بیشترین طول INT
حداکثر طول دنباله برای حفظ [inf]

-- رژکس REGEX
اگر داده شود، فقط خوانده شده با نامی مطابق با عبارت منظم حفظ می شود

--ids_file نام فایل
اگر داده شود، فقط خوانده هایی که شناسه آنها در فایل داده شده باشد استفاده خواهد شد. یک شناسه در هر خط
فایل.

-v, -- معکوس کردن
فقط دنباله هایی را نگه دارید که با فیلترها مطابقت ندارند

همسر پرونده برای خواندن جفت گزینه ها:
--mate_in نام فایل
فایل ورودی نام دوستان در صورت استفاده نیز باید ارائه شود --mate_out

--mate_out نام فایل
نام فایل خروجی mates

--both_mates_pass
به طور پیش‌فرض، اگر یکی از mate از فیلتر عبور کند، هر دو خروجی را می‌خوانند. از این پرچم استفاده کنید تا
نیاز است که هر دو قرائت یک جفت از فیلتر عبور کنند

با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از fastaq-filter استفاده کنید