این دستور fastq-multx است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
fastq-multx - ea-utils: جایگزین کردن % با شناسه بارکد در فایل بارکد
خلاصه
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [mate.fq -o r2.%.fq]...
شرح
fastq-multx: گزینه نامعتبر است -- 'h' گزینه ناشناخته '-h'.
نسخه: 1.02.684
فایل های خروجی باید دارای علامت «%» باشند که با شناسه بارکد در بارکدها جایگزین می شود
فایل. فایل خروجی می تواند n/a باشد تا داده های مربوطه را حذف کند (از این برای بارکد استفاده کنید
خواندن)
فایل بارکد (-B) به این شکل است:
...
پیش فرض حدس زدن است -بول or -eol بر اساس آمار واضح
If -g استفاده می شود، سپس پارامتر آن یک خط شاخص است و دنباله هایی که اغلب رخ می دهند هستند
استفاده شده.
If -l استفاده می شود سپس تمام بارکدهای موجود در فایل امتحان می شوند و *گروه*هایی که *بیشترین* دارند
مسابقات انتخاب شده است.
فایل بارکد گروه بندی شده (-l or -L) به این شکل است:
...
خواندن های جفت شده، در صورت ارائه، همگام نگه داشته می شوند
OPTIONS
-o فایل های خروجی FIL1 (یکی در هر ورودی، لازم است) -g SEQFIL تعیین بارکد از
نمایه شده SEQFIL را بخوانید -l BCFIL با استفاده از BCFIL به عنوان اصلی، بارکدها را از هر خوانده شده تعیین کنید
فهرست -L BCFIL تعیین بارکد از ، با استفاده از BCFIL به عنوان یک لیست اصلی -B BCFIL
از بارکدهای فایل مشخص شده استفاده کنید، مرحله تعیین را اجرا نکنید -b استحکام
ابتدای خط (5') برای تطبیق بارکد -e پایان خط (3') را برای batcode اجباری کنید
مطابق -t NUM آستانه تعیین خودکار را با فاکتور NUM (1)، > 1 = بیشتر تقسیم کنید
حساس -G NAME فقط از گروه(های) منطبق با NAME استفاده کنید -x بارکدها را کوتاه نکنید
قبل از نوشتن مقصد -n اجرا نکنید، فقط لیست بارکد احتمالی را چاپ کنید
-v C بررسی کنید که شناسه جفت شده با کاراکتر C مطابقت دارد (از " " برای illumina استفاده کنید) -m N
حداکثر تا N عدم تطابق را مجاز کنید، تا زمانی که منحصر به فرد باشند (1) -d N حداقل نیاز دارید
فاصله N بین بهترین و بهترین بعدی (2) -q N به حداقل phred نیاز دارید
کیفیت N برای پذیرش پایه بارکد (0)
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از fastq-multx استفاده کنید
