این دستور fastq-stats است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
fastq-stats - ea-utils: آمارهای قابل هضم زیادی را تولید می کند
خلاصه
fastq-stats [گزینه های]
شرح
نسخه: 1.01 $Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z earonesty $
تعداد زیادی آمار قابل هضم را برای فایل های فهرست شده تولید می کند
گزینه
-c cyclemax: حداکثر چرخه هایی که آمار کیفیت زیر برای آنها تولید می شود [35] -w INT
پنجره: حداکثر اندازه پنجره برای تولید آمار خواندن تکراری [2000000] -d اشکال زدایی:
عبارات اشکال زدایی را چاپ می کند -D آمار خواندن تکراری را انجام ندهید -s شماره INT بالا
خواندن های تکراری برای نمایش -x خروجی FIL آمار fastx (نیاز به نام فایل خروجی دارد) -b
تفکیک پایه خروجی FIL بر اساس کیفیت phred در هر چرخه.
cylemax را روی طولانی ترین طول خواندن تنظیم می کند
-L FIL طول خروجی شمارش می شود
داده های زیر در stdout چاپ می شوند:
می خواند: #reads در فایل fastq
لن: طول خواندن. میانگین و stdev برای طول خواندن متغیر ارائه شده است
phred : مقیاس phred استفاده می شود
اندازه پنجره
: تعداد خوانش هایی که برای تولید آمار خواندن تکراری استفاده می شود
چرخه حداکثر
: تعداد مبانی برای ارزیابی دوگانگی
dups: تعداد خوانده‌هایی که تکراری هستند
%dup : Pct می خواند که تکراری هستند
دنباله منحصر به فرد-dup
: تعداد دنباله هایی که تکراری هستند
حداقل تعداد دفعات تکراری
: کوچکترین آمار تکراری برای هر دنباله تکراری
dup seq
: 10 مورد از مکررترین خوانده های تکراری را به همراه تعداد میانگین و stdev فهرست می کند
کیفیت: کیفیت پایه حداقل، حداکثر و میانگین
%A،%T،%C،%G
: درصدهای پایه
پایه های کل
: تعداد کل پایه ها
با استفاده از خدمات onworks.net از fastq-stats به صورت آنلاین استفاده کنید
