این دستور fuzznuce است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
fuzznuc - جستجوی الگوها در توالی های نوکلئوتیدی
خلاصه
fuzznuc -توالی seqall -الگو الگو -متمم بولی -outfile گزارش
fuzznuc -کمک
شرح
fuzznuc یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Nucleic:Motifs" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
-الگو الگو
کدهای یک حرفی استاندارد IUPAC برای نوکلئوتیدها استفاده می شود. نماد 'n' است
برای موقعیتی استفاده می شود که در آن هر نوکلئوتید پذیرفته شود. ابهامات توسط
فهرست نوکلئوتیدهای قابل قبول برای یک موقعیت معین، بین پرانتز مربع "[
]'. برای مثال: [ACG] مخفف A یا C یا G است. ابهامات نیز با نشان داده می شوند
لیست کردن نوکلئوتیدهایی که پذیرفته نشده‌اند بین یک جفت براکت فرفری '{}'
در یک موقعیت معین به عنوان مثال: {AG} مخفف هر نوکلئوتید به جز A و G است
عنصر در یک الگو با یک "-" از همسایه خود جدا می شود. (اختیاری در fuzznuc).
تکرار یک عنصر از الگو را می توان با دنبال کردن آن عنصر نشان داد
با یک مقدار عددی یا یک محدوده عددی بین پرانتز. مثال ها: N(3)
مربوط به NNN، N(2,4،XNUMX) مربوط به NN یا NNN یا NNNN است. وقتی یک الگو است
محدود به انتهای 5' یا 3' یک دنباله، آن الگو یا با a شروع می شود
نماد '<' یا به ترتیب با نماد '>' به پایان می رسد. یک دوره به الگو پایان می دهد.
(اختیاری در fuzznuc). برای مثال، [CG](5)TG{A}N(1,5)C
فناوری بخش
-متمم بولی
مقدار پیش فرض: N
تولید بخش
-outfile گزارش
از fuzznuce به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
