gmx-make_ndx - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-make_ndx - فایل های شاخص بسازید

خلاصه

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-ناتوم ها ] [-[برنده نیست]

شرح

گروه های شاخص تقریباً برای هر برنامه GROMACS ضروری هستند. همه این برنامه ها می توانند
ایجاد گروه های شاخص پیش فرض شما فقط باید استفاده کنید gmx make_ndx هنگامی که شما نیاز به ویژه
گروه های شاخص یک گروه شاخص پیش فرض برای کل سیستم وجود دارد، 9 گروه شاخص پیش فرض
برای پروتئین ها، و یک گروه شاخص پیش فرض برای هر نام باقی مانده دیگر ایجاد می شود.

هنگامی که هیچ فایل فهرستی ارائه نمی شود، نیز gmx make_ndx گروه های پیش فرض را ایجاد می کند. با
ویرایشگر فهرستی که می‌توانید روی نام‌ها و اعداد اتم، باقیمانده و زنجیره انتخاب کنید. وقتی یک دویدن
فایل ورودی ارائه شده است که می توانید نوع اتم را نیز انتخاب کنید. می توانید از NOT، AND و OR، you استفاده کنید
می تواند گروه ها را به زنجیره ها، باقی مانده ها یا اتم ها تقسیم کند. می توانید گروه ها را حذف کرده و نام آنها را تغییر دهید.

شماره گذاری اتمی در ویرایشگر و فایل فهرست از 1 شروع می شود.

La -توین سوئیچ همه گروه های شاخص را با افست کپی می کند -ناتوم ها، که مفید است
برای تنظیم غشای دو لایه الکتروفیزیولوژی محاسباتی

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (اختیاری)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.ndx>] (index.ndx)
فایل فهرست

گزینه های دیگر:

-ناتوم ها (0)
تنظیم تعداد اتم ها (پیش فرض: خواندن از فایل مختصات یا فهرست)

-[برنده نیست (نه)
همه گروه های شاخص را با افست -natoms کپی کنید

از gmx-make_ndx به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید