gmx-spol - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-spol - جهت گیری دوقطبی حلال و قطبش را در اطراف املاح تجزیه و تحلیل کنید

خلاصه

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[اکنون]
[-xvg ] [-[no]com] [-رفات ] [-rmin ]
[-rmax ] [- شیب ] [-بله ]

شرح

gmx ارتباط جنسی دوقطبی های اطراف یک املاح را تجزیه و تحلیل می کند. به ویژه برای آب های قطبی مفید است.
گروهی از اتم های مرجع، یا مرکز مرجع جرم (گزینه -کام) و گروهی از
اتم های حلال مورد نیاز است. این برنامه گروهی از اتم های حلال را به مولکول ها تقسیم می کند.
برای هر مولکول حلال فاصله تا نزدیکترین اتم در گروه مرجع یا به
COM تعیین می شود. توزیع تجمعی این فواصل رسم شده است. برای هر
فاصله بین -rmin و -rmax حاصل ضرب درونی بردار فاصله و دوقطبی
مولکول حلال تعیین می شود. برای مولکول های حلال با بار خالص (یون)،
بار خالص یون در انتخاب هر یون به طور مساوی از همه اتم ها کم می شود.
میانگین این اجزای دوقطبی چاپ می شود. همین کار برای پلاریزاسیون انجام می شود،
که در آن دوقطبی متوسط ​​از دوقطبی آنی کم می شود. بزرگی از
دوقطبی متوسط ​​با گزینه تنظیم شده است - شیب، جهت توسط بردار از تعریف می شود
اتم اول در گروه حلال انتخاب شده تا نقطه میانی بین دوم و اتم
اتم سوم

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-[no]com (نه)
از مرکز جرم به عنوان موقعیت مرجع استفاده کنید

-رفات (1)
اتم مرجع مولکول حلال

-rmin (0)
حداکثر فاصله (nm)

-rmax (0.32)
حداکثر فاصله (nm)

- شیب (0)
دوقطبی متوسط ​​(D)

-بله (0.01)
عرض سطل

از gmx-spol به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید