gmx-tcaf - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-tcaf - ویسکوزیته مایعات را محاسبه کنید

خلاصه

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-خیلی [<.xvg>]] [-اوآ [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-از [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-او [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [- [نه] مول] [-[no]k34]
[-wt ] [-اکفلن ] [-[نه] عادی کردن] [-P ]
[-fitfn ] [-شروع ] [-endfit ]

شرح

gmx tcaf خودهمبستگی های جریان عرضی را محاسبه می کند. اینها برای تخمین
ویسکوزیته برشی، و. برای جزئیات بیشتر ببینید: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp 359-366.

جریان های عرضی با استفاده از بردارهای k (1,0,0) و (2,0,0) هر کدام در
la y- و z- جهت، (1,1,0،1،1,0) و (2،-XNUMX،XNUMX) هر کدام نیز در XNUMX صفحه دیگر (این
بردارها مستقل نیستند) و (1,1,1،3،XNUMX) و XNUMX مورب جعبه دیگر (همچنین نه
مستقل). برای هر بردار k از سینوس و کسینوس در ترکیب با بردار استفاده می شود
سرعت در 2 جهت عمود بر هم در مجموع 16*2*2=64 عرضی بدست می آید
جریان ها یک خودهمبستگی برازش برای هر بردار k محاسبه می شود که 16 را به دست می دهد
TCAF ها هر یک از این TCAF ها بر روی f(t) = exp(-v) (cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv))، v = -t/(2) نصب شده اند.
tau)، W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2)، که 16 مقدار tau و eta را می دهد. متناسب
وزن ها به صورت تصاعدی با ثابت زمانی w (با داده شده با -wt) به صورت exp(-t/w)، و the
TCAF و تناسب تا زمان 5*w محاسبه می شود. مقادیر eta باید به 1 - a برازش شود
eta(k) k^2 که از آن می توان ویسکوزیته برشی را k=0 تخمین زد.

وقتی جعبه مکعب است، می توان از گزینه استفاده کرد -oc، که میانگین TCAF ها را از همه نشان می دهد
k-بردارهایی با طول یکسان. این منجر به TCAF های دقیق تر می شود. هر دو مکعب
TCAF ها و فیت ها به آنها نوشته می شود -oc تخمین های مکعب eta نیز به آن نوشته شده است -او.

با گزینه -مولجریان عرضی به جای اتم ها از مولکول ها تعیین می شود. که در
در این حالت، گروه شاخص باید از اعداد مولکولی به جای اعداد اتمی تشکیل شود.

ویسکوزیته وابسته به k در -او فایل باید به eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) برازش شود
برای به دست آوردن ویسکوزیته در طول موج بی نهایت.

توجه داشته باشید: مطمئن شوید که مختصات و سرعت ها را اغلب به اندازه کافی می نویسید. اولیه،
غیر نمایی، بخشی از تابع خودهمبستگی برای به دست آوردن a بسیار مهم است
تناسب خوب

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-خیلی [<.xvg>] (transcur.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-اوآ [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-از [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-او [<.xvg>] (visc_k.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

- [نه] مول (نه)
TCAF مولکول ها را محاسبه کنید

-[no]k34 (نه)
همچنین از k=(3,0,0) و k=(4,0,0) استفاده کنید

-wt (5)
زمان فروپاشی نمایی برای وزنه های مناسب TCAF

-اکفلن (-1)
طول ACF، پیش‌فرض نصف تعداد فریم‌ها است

-[نه] عادی کردن (آره)
ACF را عادی کنید

-P (0)
ترتیب چند جمله ای لژاندر برای ACF (0 نشان دهنده هیچ کدام): 0، 1، 2، 3

-fitfn (هیچ)
تابع Fit: none، exp، aexp، exp_exp، exp5، exp7، exp9

-شروع (0)
زمان شروع برازش نمایی تابع همبستگی

-endfit (-1)
زمان پایان برازش نمایی تابع همبستگی، -1 است تا زمانی که
پایان

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-tcaf آنلاین استفاده کنید