gt-orfinder - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gt-orfinder - ORF ها (فریم های خواندن باز) را به ترتیب مشخص می کند.

خلاصه

gt یابنده [گزینه ...] [indexname] [GFF3_file ...]

شرح

-سپس
مناطقی را که باید برای فریم های خواندن باز جستجو شوند، مشخص کنید
LTR_رتروترانسپوزون

آلورف ها [بله | نه]
همه ORF ها را به جای طولانی ترین ها جستجو کنید (پیش فرض: خیر)

-من [ارزش]
حداقل طول ORF (پیش‌فرض: 30)

-حداکثر [ارزش]
حداکثر طول ORF (پیش‌فرض: 10000)

-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیش‌فرض: خیر)

-o [نام فایل]
تغییر مسیر خروجی به فایل مشخص شده (پیش فرض: تعریف نشده)

-gzip [بله | نه]
نوشتن فایل خروجی فشرده gzip (پیش‌فرض: خیر)

-bzip2 [بله | نه]
فایل خروجی فشرده bzip2 را بنویسید (پیش‌فرض: خیر)

-زور [بله | نه]
نوشتن اجباری در فایل خروجی (پیش‌فرض: خیر)

-seqfile [نام فایل]
فایل دنباله ای را تنظیم کنید که از آن دنباله ها گرفته شود (پیش فرض: تعریف نشده)

-encseq [نام فایل]
نام نمایه دنباله کدگذاری شده را تنظیم کنید تا دنباله ها از آن گرفته شوند (پیش فرض:
تعریف نشده)

فایل های seq
فایل های دنباله ای را تنظیم کنید که از آن ویژگی ها استفاده می شود -- برای خاتمه دادن به لیست
فایل های دنباله ای

-مطابقت [بله | نه]
توضیحات توالی را از فایل های ورودی برای شناسه های دنباله مورد نظر (در
GFF3)، گزارش بازی اول (پیش‌فرض: خیر)

-matchdescstart [بله | نه]
دقیقاً با توضیحات توالی از فایل های ورودی برای دنباله مورد نظر مطابقت دارد
شناسه‌ها (در GFF3) از ابتدا تا اولین فضای خالی (پیش‌فرض: خیر)

-استفاده از [بله | نه]
از توضیحات توالی برای نگاشت شناسه های دنباله (در GFF3) به دنباله واقعی استفاده کنید
ورودی های. اگر یک توصیف شامل یک محدوده توالی باشد (به عنوان مثال، III:1000001..2000000)،
قسمت اول به عنوان شناسه دنباله استفاده می شود (III) و موقعیت محدوده اول به عنوان افست
(1000001) (پیش فرض: خیر)

نقشه برداری منطقه [رشته]
مجموعه فایل حاوی نگاشت فایل توالی-منطقه به دنباله (پیش فرض: تعریف نشده)

-کمک
نمایش راهنما و خروج

-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج

گزارش نویسی اشکالات

گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.

از gt-orfinder به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید