این دستور hmm2fetch است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hmm2fetch - یک HMM را از پایگاه داده HMM بازیابی کنید
خلاصه
hmm2fetch [گزینه ها] پایگاه داده نام
شرح
hmm2fetch یک ابزار کوچک است که یک HMM به نام را بازیابی می کند نام از پایگاه داده مدل HMMER
نام پایگاه داده. در قالبی جدید، و آن مدل را در خروجی استاندارد چاپ می کند. مثلا،
hmm2fetch پفام rrm مدل RRM (موتیف تشخیص RNA) را از Pfam بازیابی می کند، در صورتی که
متغیر محیطی HMMERDB روی مکان پایگاه داده Pfam تنظیم شده است. بازیابی شده
فایل HMM با فرمت HMMER 2 ASCII نوشته شده است.
پایگاه داده باید یک فایل شاخص GSI مرتبط داشته باشد. برای نمایه سازی پایگاه داده HMM، از
برنامه hmm2index.
OPTIONS
-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص
-n تفسیر نام به عنوان یک شماره HMM به جای نام. شماره گذاری از 0 شروع می شود
به عنوان مثال، برای واکشی اولین HMM از یک پایگاه داده HMM به نام فو، شما انجام می دهید
hmm2fetch -n 0 فو
با استفاده از خدمات onworks.net از hmm2fetch آنلاین استفاده کنید
