hmm2search - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

hmm2search - جستجو در پایگاه داده توالی با نمایه HMM

خلاصه

hmm2جستجو [گزینه ها] hmmfile seqfile

شرح

hmm2جستجو HMM را از hmmfile و جستجو می کند seqfile برای به طور قابل توجهی مشابه
مسابقات دنباله ای

seqfile ابتدا در فهرست کاری فعلی، سپس در یک دایرکتوری جستجو می شود
توسط متغیر محیطی نامگذاری شده است BLASTDB. این به کاربران امکان می دهد از پایگاه های داده BLAST موجود استفاده کنند،
اگر BLAST برای سایت پیکربندی شده باشد.

hmm2جستجو بسته به اندازه دنباله ممکن است چند دقیقه یا حتی ساعت ها طول بکشد
پایگاه داده این ایده خوبی است که خروجی را به یک فایل هدایت کنید.

خروجی از چهار بخش تشکیل شده است: فهرست رتبه بندی شده از بهترین توالی های امتیازدهی، الف
لیست رتبه بندی بهترین دامنه های امتیازدهی، هم ترازی برای همه بهترین حوزه های امتیازدهی، و
هیستوگرام نمرات امتیاز توالی ممکن است بالاتر از امتیاز دامنه برای آن باشد
همان دنباله اگر بیش از یک دامنه در دنباله وجود داشته باشد. نمره دنباله می گیرد
همه دامنه ها را در نظر بگیرید. همه دنباله ها بالاتر از -E و -T برش ها نشان داده شده است
در لیست اول، سپس هر دامنه یافت شده در این لیست در لیست دوم نشان داده شده است
بازدید دامنه در صورت تمایل، مقدار E-value و آستانه امتیاز بیت نیز ممکن است برای آن اعمال شود
لیست دامنه با استفاده از --domE و --domT گزینه.

OPTIONS

-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص

-A خروجی تراز را به بهترین دامنه های امتیازدهی -A0 خاموش می شود
خروجی تراز و می تواند برای کاهش اندازه فایل های خروجی استفاده شود.

-E برش E-value را برای لیست بازدید رتبه‌بندی شده در هر دنباله روی آن تنظیم کنید ، جایی که هست یک
عدد واقعی مثبت پیش فرض 10.0 است. بازدیدهایی با مقادیر E بهتر از (کمتر
از) این آستانه نشان داده خواهد شد.

-T برش امتیاز بیت را برای لیست رتبه بندی شده در هر دنباله روی آن تنظیم کنید ، جایی که is
یک عدد واقعی پیش فرض بی نهایت منفی است. به طور پیش فرض، آستانه است
توسط ارزش E و نه با امتیاز بیت کنترل می شود. بازدید با امتیاز بیت بهتر از
(بیشتر از) این آستانه نشان داده خواهد شد.

-Z امتیازهای E-value را طوری محاسبه کنید که انگار یک پایگاه داده دنباله ای از آن را دیده ایم
دنباله ها پیش فرض تعداد دنباله هایی است که در فایل پایگاه داده شما دیده می شود
.

EXPERT OPTIONS

-- همکار
از فرمت خروجی HMMER 2.1.1، نسخه عمومی 1998-2001 استفاده کنید. ارائه شده است
تجزیه کننده های 2.1.1 نیازی به بازنویسی ندارند.

--cpu
حداکثر تعداد CPUهایی را که برنامه روی آنها اجرا می شود را تنظیم می کند. پیش فرض استفاده است
تمام پردازنده های موجود در دستگاه متغیر محیطی HMMER_NCPU را لغو می کند. فقط
نسخه های رشته ای HMMER (پیش فرض در اکثر سیستم ها) را تحت تأثیر قرار می دهد.

--cut_ga
از برش امتیازات Pfam GA (آستانه جمع آوری) استفاده کنید. معادل --globT
--domT ، اما قطع GA2 و GA1 از فایل HMM خوانده می شود. hmm2build
اگر فایل تراز در یک Pfam-friendly حاشیه نویسی شده باشد، این برش ها را در آنجا قرار می دهد
فرمت تراز (قالب SELEX یا استکهلم توسعه یافته) و GA اختیاری
خط حاشیه نویسی وجود داشت. اگر این برش ها در فایل HMM تنظیم نشده باشند، --cut_ga
کار نمی کند

--cut_tc
از برش امتیازات Pfam TC (قطع مطمئن) استفاده کنید. معادل --globT --domT
، اما قطع های TC2 و TC1 از فایل HMM خوانده می شوند. hmm2build اینها را قرار می دهد
اگر فایل تراز در یک تراز سازگار با Pfam حاشیه نویسی شده باشد، قطع می شود
فرمت (فرمت گسترش یافته SELEX یا استکهلم) و خط حاشیه نویسی اختیاری TC بود
حاضر. اگر این برش ها در فایل HMM تنظیم نشده باشند، --cut_tc کار نمی کند

--cut_nc
از برش‌های امتیاز Pfam NC (قطع صدا) استفاده کنید. معادل --globT --domT ،
اما قطع NC1 و NC2 از فایل HMM خوانده می شود. hmm2build اینها را قرار می دهد
اگر فایل تراز در یک تراز سازگار با Pfam حاشیه نویسی شده باشد، قطع می شود
فرمت (فرمت گسترش یافته SELEX یا استکهلم) و خط حاشیه نویسی اختیاری NC بود
حاضر. اگر این برش ها در فایل HMM تنظیم نشده باشند، --cut_nc کار نمی کند

--domE
برش ارزش E را برای لیست بازدید رتبه‌بندی شده در هر دامنه روی آن تنظیم کنید ، جایی که هست یک
عدد واقعی مثبت پیش فرض بی نهایت است. به طور پیش فرض، همه دامنه ها در
دنباله هایی که از آستانه اول عبور کرده اند در لیست دوم گزارش می شوند، بنابراین
که تعداد دامنه های گزارش شده در لیست هر دنباله با آن مطابقت دارد
شماره ای که در لیست هر دامنه ظاهر می شود.

--domT
برش امتیاز بیت را برای لیست بازدید رتبه‌بندی شده در هر دامنه روی آن تنظیم کنید ، جایی که هست یک
عدد واقعی پیش فرض بی نهایت منفی است. به طور پیش فرض، همه دامنه ها در
دنباله هایی که از آستانه اول عبور کرده اند در لیست دوم گزارش می شوند، بنابراین
که تعداد دامنه های گزارش شده در لیست هر دنباله با آن مطابقت دارد
شماره ای که در لیست هر دامنه ظاهر می شود. مهم یادداشت ها: فقط یک دامنه در a
توالی کاملاً توسط این پارامتر یا توسط کنترل می شود --domT. دومی و
دامنه های بعدی در یک دنباله دارای آستانه امتیاز بیت واقعی 0 هستند زیرا
از جزئیات نحوه عملکرد HMMER. HMMER به حداقل یک گذر از طریق نیاز دارد
مدل اصلی در هر دنباله؛ برای انجام بیش از یک پاس (بیش از یک دامنه)
تراز چند دامنه ای باید امتیاز بهتری نسبت به تراز تک دامنه داشته باشد،
و از این رو دامنه های اضافی باید امتیاز مثبت داشته باشند. به راهنمای کاربران مراجعه کنید
برای جزئیات بیشتر

--رو به جلو
از الگوریتم Forward به جای الگوریتم Viterbi برای تعیین هر
نمرات دنباله ای امتیازات هر دامنه هنوز توسط الگوریتم Viterbi تعیین می شود.
برخی استدلال کرده اند که Forward الگوریتم حساس تری برای تشخیص از راه دور است
همولوگ های دنباله ای با این حال، آزمایش‌های من با HMMER این را تأیید نکرده است.

-- اطلاعات
ادعا کنید که ورودی seqfile در قالب است ; قالب Babelfish را اجرا نکنید
تشخیص خودکار این امر قابلیت اطمینان برنامه را تا حدودی افزایش می دهد، زیرا
بابل ماهی ممکن است اشتباه کند. به ویژه برای افراد بدون مراقبت توصیه می شود
اجرای عملیات HMMER رشته های فرمت معتبر شامل FASTA، GENBANK، EMBL، GCG،
PIR، استکهلم، SELEX، MSF، CLUSTAL، و PHYLIP. به راهنمای کاربر مراجعه کنید
لیست کامل

--null2
مدل پوچ دوم post hoc را خاموش کنید. به‌طور پیش‌فرض، هر تراز توسط مجدداً نمره‌گذاری می‌شود
یک مرحله پس پردازش که ترکیب احتمالی مغرضانه را در هر دو مورد در نظر می گیرد
HMM یا دنباله هدف. این تقریباً در جستجوی پایگاه داده ضروری است،
به خصوص با مدل های تراز محلی. احتمال بسیار کمی وجود دارد که این
پس پردازش ممکن است مطابقت های واقعی را حذف کند، و در این موارد --null2 ممکن است بهبود یابد
حساسیت به قیمت کاهش ویژگی با اجازه دادن به ترکیب مغرضانه
از طریق ضربه می زند.

--pvm روی ماشین مجازی موازی (PVM) اجرا کنید. PVM باید از قبل در حال اجرا باشد. در
برنامه مشتری hmm2search-pvm باید روی تمام گره های PVM نصب شود. PVM اختیاری
پشتیبانی باید در HMMER کامپایل شده باشد.

--xnu فیلتر XNU توالی پروتئین هدف را روشن کنید. هیچ تاثیری روی اسید نوکلئیک ندارد
دنباله ها در آزمایشات آزمایشی، --xnu به نظر می رسد عملکرد کمتری نسبت به
مدل پیش فرض null2 post hoc.

با استفاده از خدمات onworks.net از hmm2search آنلاین استفاده کنید