این دستور idfetch است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
idfetch - داده های بیولوژیکی را از سرور NCBI ID1 بازیابی کنید
خلاصه
idfetch [-] [-F خ] [-G نام فایل] [-Q نام فایل] [-c N] [-d خ] [-e N] [-f خ] [-g N]
[-i N] [-l نام فایل] [-n] [-o نام فایل] [-q خ] [-s خ] [-t N]
شرح
idfetch یک کلاینت برای سرور ID1 NCBI است که شامل پایگاه داده بزرگی از حاشیه نویسی است
توالی های بیولوژیکی
OPTIONS
خلاصه ای از گزینه ها در زیر آمده است.
- پیام مصرف چاپ
-F خ انواع ویژگی های مشخص شده را اضافه کنید (محدود شده با کاما). مقادیر مجاز CDD، SNP،
SNP_graph، MGC، HPRD، STS، tRNA و microRNA.
-G نام فایل
فایلی با فهرست GIها، پیوست‌ها (نسخه‌شده)، FASTA SeqIDهایی که باید تخلیه شوند
-Q نام فایل
لیست GI را با پرس و جو Entrez در ایجاد کنید نام فایل; نیاز دارد -dn or -درد.
-c N حداکثر پیچیدگی:
0 دریافت کل لکه (پیش فرض)
1 bioseq مورد علاقه را دریافت کنید
2 حداقل مجموعه bioseq حاوی bioseq مورد علاقه را دریافت کنید
3 حداقل nuc-prot حاوی bioseq مورد نظر را دریافت کنید
4 حداقل مجموعه میخانه حاوی bioseq مورد علاقه را دریافت کنید
-d خ پایگاه داده برای استفاده (با -q، همچینین میتواند n برای نوکلئوتیدها یا p برای پروتئین ها).
-e N شماره نهاد (شماره بازیابی) برای تخلیه
-f خ SeqId پهن شده. فرمت های ممکن:
نوع([نام][،[ورود][،[آزاد][،نسخه]]]) به عنوان "5(HUMHBB)"
نوع=ورود
نوع:عدد
(نوع عددی است که زیرنوع ASN.1 Seq-id را نشان می‌دهد.)
-g N شناسه GI برای یک نهاد منفرد برای تخلیه
-i N نوع جستجو:
0 دریافت Sequ-entry (پیش فرض)
1 دریافت وضعیت GI (خروجی به stderr)
2 SeqIds را دریافت کنید
3 دریافت سابقه GI (فقط تغییر توالی)
4 دریافت تاریخچه تجدید نظر (هر گونه تغییر در ASN.1)
-l نام فایل
ورود به سیستم فایل
-n خروجی فقط لیست GIها (با -q و -Q).
-o نام فایل
نام فایل برای خروجی (پیش فرض = stdout)
-q خ لیست gi را با پرس و جو Entrez ایجاد کنید. نیاز دارد -dn or -درد.
-s خ سبک FASTA SeqId محصور شده در نقل قول. فرمت ها:
lcl|INT or خ
bbs|INT
bbm|INT
gb|ACC|LOC
emb|ACC|LOC
پیر|ACC|نام
sp|ACC|نام
پت|کشور|حق ثبت اختراع|SEQ
gi|INT
dbj|ACC|LOC
prf|ACC|نام
pdf|ورود|زنجیر
-t N نوع خروجی:
1 متن ASN.1 (پیش‌فرض)
2 باینری ASN.1
3 GenBank (فقط ورود متوالی)
4 GenPept (فقط ورود متوالی)
5 FASTA (جدول تاریخچه)
6 امتیاز کیفی (فقط ورودی متوالی)
7 Entrez DocSums
8 مکمل معکوس FASTA
از idfetch آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
