این دستور kissnp2 است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
kissnp2 - صفحه دستی برای kissnp2 1.2.6
شرح
NAME kissnp، نسخه DiscoSnp - زیرماژول kissnp 1.2.6 - حق چاپ INRIA - مجوز CeCILL
خلاصه kissnp2/kissnp2 [ [ -o نام
[-t] [-e length] [-l] [-b] [-k مقدار] [-c value] [-g value] [-h]
و یا:
kissnp2/kissnp2 input_names_file.txt -o نام [-t] [-e طول] [-l] [-b] [-k مقدار] [-c
مقدار] [-g مقدار] [-h]
با "input_names_file.txt" یک فایل حاوی نام خوانده شده در هر خط
فایل ها
شرح
"kissnp2"، SNP ها را از مجموعه(های) خوانده شده شناسایی می کند. معمولاً باید به دنبال آن باشد
"Kissreads" برای بازیابی پوشش و اطلاعات با کیفیت از خواندن.
اجباری
حداقل یک مجموعه خواندنی -o file_name_prefix: جایی برای نوشتن خروجی ها و debruijn
فایل های ساختار گراف
OPTIONS
-t گسترش یافته و در اولین پلی مورفیسم (اکستنشن دقیق = واحدها) SNPs متوقف می شود.
ناسازگار با -T
-T گسترش یافتن و توقف در پلی مورفیسم بزرگ (extension=contigs) SNPs. ناسازگار با
-t
-e طول: گسترش SNP های یافت شده (گزینه -t) و فقط کسانی را که min (چپ و راست) دارند حفظ کنید
پسوند) بزرگتر یا مساوی "طول" است
-l حفظ SNP های کم پیچیدگی پیش‌فرض: نادرست (فیلتر کردن نتایج با پیچیدگی کم)
-b INT:
0: SNP ها را ممنوع کنید که هر یک از دو مسیر دارای انشعاب هستند (دقت بالا، فراخوان کم).
مقدار پیش فرض
1: SNP ها را ممنوع کنید که دو مسیر منشعب هستند (مثلاً دو مسیر می توانند
ایجاد شده با "A" یا "C" در همان موقعیت 2: بدون محدودیت در
انشعاب (دقت کم، فراخوان بالا)
-k size_seed: از دانه های طولی size_seed استفاده می کند. پیش فرض: 27.
-c min_coverage: یک دنباله توسط حداقل حداقل min_coverage خوانده می شود. پیش فرض: 2
-C max_coverage: یک دنباله با حداکثر خواندن منسجم max_coverage پوشش داده می شود. پیش فرض:
infiny (=2147483647 در رایانه شما :) )
-g تخمین زده شده_ژنوم_اندازه: تخمین اندازه ژنومی که خوانش ها از آن حاصل می شود.
این در bp است، نیازی به دقت ندارد، فقط میزان استفاده از حافظه را کنترل می کند. پیش فرض: 3
بیلیون
-h این پیام را چاپ می کند و خارج می شود
DiscoSnp - kissnp submodule 1.2.6 - حق چاپ INRIA - مجوز CeCILL خط فرمان این بود:
kissnp2/kissnp2 -h
با استفاده از خدمات onworks.net از kissnp2 به صورت آنلاین استفاده کنید
