این دستور kissplice است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
kissplice - تشخیص پلی مورفیسم در داده های RNA-seq.
خلاصه
kissplice -h
kissplice [OPTION] [-r READFILES]
شرح
رویدادهای پیوند جایگزین و انواع دیگر پلی مورفیسم ها را از READFILES (در
فرمت FASTA یا FASTQ).
OPTIONS
-h، --کمک
این پیام راهنما را نشان دهید و خارج شوید.
-r READFILES
فایل های خواندنی fasta/q را وارد کنید (چندین، مانند "-r file1 -r file2...").
-k KVAL
اندازه k-mer (پیش فرض = 25).
-l LLMAX
حداکثر طول مسیر کوتاهتر (پیش‌فرض: 2k-1).
-m LL_MIN
حداقل طول مسیر کوتاهتر (پیش‌فرض 2k-8).
-M UL_MAX
حداکثر طول طولانی‌ترین مسیر (پیش‌فرض 1000)، اگزون‌های رد شده بیشتر از UL_MAX
گزارش نمی شوند.
-g GRAPH_PREFIX
مسیر و پیشوند گراف از پیش ساخته شده de Bruijn (با پسوند .edges/.nodes) در صورت مشترک
مورد استفاده با -r، نمودار برای یافتن حباب ها استفاده می شود و می خواند که برای کمی سازی استفاده می شود.
-o OUT_DIR
مسیر ذخیره نتایج (پیش فرض = ./نتایج).
-d PATH_TO_TMP
دایرکتوری خاص (مسیر مطلق) که در آن فایل های موقت ساخته می شوند (پیش فرض
دایرکتوری موقت در غیر این صورت).
-t NBPROCS
تعداد هسته ها (باید <= تعداد هسته های فیزیکی باشد).
-s SNP ها را خروجی ندهید (در زمان صرفه جویی می کند).
-v حالت پرمخاطب.
-u فایل nodes/edges را برای bcc های ناتمام نگه دارید.
-c MIN_COV
k-merهایی را که به شدت کمتر از این تعداد دفعات حضور دارند را دور بریزید
مجموعه داده (پیش فرض 2).
-C MIN_RELATIVE_COV
لبه های دارای پوشش نسبی زیر MIN_RELATIVE_COV که به صورت a بیان می شود را دور بریزید
درصد در [0,1،0.02). (پیش فرض XNUMX).
-z GENOME_SIZE
تعداد تخمینی گره ها در نمودار De-Bruin. (پیش فرض = 1000000000).
-e MIN_EDIT_DIST
حباب هایی که فاصله ویرایش مسیرهای آنها کمتر است به عنوان تکرارهای نادرست طبقه بندی کنید
بیش از MIN_EDIT_DIST (پیش‌فرض 3).
-y MAX_CYCLES
حداکثر تعداد شمارش حباب در هر bcc. در صورت تجاوز، هیچ حبابی تولید نمی شود
برای bcc (پیش‌فرض 10000).
--تایم اوت TIMEOUT
حداکثر زمان (بر حسب ثانیه) که برای شمارش حباب ها در هر bcc صرف می شود. اگر
بیش از حد، هیچ حبابی برای bcc (پیش‌فرض 900) خروجی نمی‌شود.
- نسخه
نمایش شماره نسخه برنامه و خروج.
با استفاده از خدمات onworks.net از kissplice به صورت آنلاین استفاده کنید
