macs2_bdgopt - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

macs2_bdgopt - تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل برای چیپ-توالی

شرح

استفاده: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {multiply,add,p2q}]

[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFILE

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

-i IFILE، -- فایل IFILE
امتیاز MACS در bedGraph. توجه: این باید یک فایل bedGraph باشد که کل آن را پوشش دهد
ژنوم ضروری

-m {multiply,add,p2q}, --روش {multiply,add,p2q}
روش اصلاح ستون امتیاز فایل bedGraph. انتخاب های موجود عبارتند از:
ضرب، جمع یا p2q. 1) ضرب کنید، EXTRAPARAM مورد نیاز است و خواهد بود
در ستون امتیاز ضرب می شود. اگر قصد دارید ستون امتیاز را بر X تقسیم کنید، استفاده کنید
مقدار 1/X به عنوان EXTRAPARAM. 2) اضافه کنید، EXTRAPARAM مورد نیاز است و به آن اضافه خواهد شد
ستون امتیاز اگر قصد دارید ستون امتیاز را با X کم کنید، از مقدار استفاده کنید -X
به عنوان EXTRAPARAM. 3) p2q، این نمرات p-value را با استفاده از امتیازات q-value تبدیل می کند
فرآیند بنجامینی-هخبرگ. EXTRAPARAM مورد نیاز نیست. این روش فرض می کند
نمرات هستند -log10 p-value از MACS2. هر نوع امتیاز دیگری باعث می شود
خطاهای غیر منتظره

-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --اضافی پارام [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
پارامتر اضافی برای METHOD. جزئیات را بررسی کنید -m گزینه.

-- outdir OUTDIR
در صورت مشخص شدن تمام فایل های خروجی در آن دایرکتوری نوشته می شود. پیش فرض:
فهرست کار فعلی

-o OFILE، -- فایل OFILE
خروجی نام فایل BEDGraph.

از macs2_bdgopt به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید