macs2 - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

macs2 - macs2 - تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل برای چیپ-توالی

شرح

استفاده: macs2 [-h] [--نسخه]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...

macs2 -- تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل برای چیپ-توالی

موقعیتی استدلال ها:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}

پیک تماس
عملکرد اصلی MACS2: پیک های فراخوانی از نتایج هم ترازی.

bdgpeakcall
تماس از خروجی bedGraph به اوج می رسد. توجه: همه مناطق روی یک کروموزوم در
فایل bedGraph باید پیوسته باشد بنابراین فقط فایل‌های bedGraph از MACS2 هستند
قابل قبول

bdgbroadcall
پیک های گسترده را از خروجی bedGraph فراخوانی کنید. توجه: همه مناطق روی یک کروموزوم در
فایل bedGraph باید پیوسته باشد بنابراین فقط فایل‌های bedGraph از MACS2 هستند
قابل قبول

bdgcmp نویز را با مقایسه دو مسیر سیگنال در bedGraph کاهش دهید. توجه: همه مناطق در
همان کروموزوم در فایل bedGraph باید پیوسته باشد بنابراین فقط فایل های bedGraph
از MACS2 قابل قبول هستند.

bdgopt عملیات روی ستون امتیاز فایل bedGraph. توجه: همه مناطق یکسان هستند
کروموزوم در فایل bedGraph باید پیوسته باشد، بنابراین فقط فایل‌های bedGraph از
MACS2 قابل قبول هستند.

cmbreps
BEDGraphs از نمرات تکراری را ترکیب کنید. توجه: همه مناطق یکسان هستند
کروموزوم در فایل bedGraph باید پیوسته باشد، بنابراین فقط فایل‌های bedGraph از
MACS2 قابل قبول هستند.

bdgdiff
تشخیص اوج دیفرانسیل بر اساس فایل‌های چهار بستر جفت شده. توجه: تمام مناطق
روی همان کروموزوم در فایل bedGraph باید پیوسته باشد بنابراین فقط bedGraph
فایل های MACS2 قابل قبول هستند.

فیلتر کردن
خواندن های تکراری را در همان موقعیت حذف کنید، سپس فرمت قابل قبول را به BED تبدیل کنید
فرمت.

پیش بینی کرد
اندازه d یا قطعه را از نتایج تراز پیش بینی کنید. *موارد تکراری را فیلتر نمی کند*

pileup قرائت های تراز شده Pileup با اندازه پسوند داده شده (اندازه قطعه یا d در MACS
زبان). توجه داشته باشید هیچ مرحله ای برای فیلتر کردن یا توالی خواندن تکراری وجود نخواهد داشت
مقیاس‌بندی عمق، بنابراین ممکن است نیاز به انجام پیش/پس‌پردازش خاصی داشته باشید.

نمونه تصادفی
تعداد نمونه/درصد از کل خوانده‌ها به‌طور تصادفی.

refinepeak
(تجربی) تراز خواندن خام را انتخاب کنید، قله های قله را اصلاح کنید و امتیاز دهید
اندازه‌گیری تعادل برچسب‌های واستون/کریک. با الهام از SPP.

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

- نسخه
نمایش شماره نسخه برنامه و خروج

برای گزینه های خط فرمان هر دستور، تایپ کنید: macs2 COMMAND -h

با استفاده از خدمات onworks.net از macs2 به صورت آنلاین استفاده کنید