map2slimp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

map2slim - پیوندهای ژنی را به یک هستی شناسی باریک ترسیم می کند

خلاصه

سی دی برو
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

شرح

با توجه به یک فایل باریک GO و یک هستی شناسی فعلی (در یک یا چند فایل)، این اسکریپت نقشه برداری می کند.
یک فایل تداعی ژن (شامل حاشیه نویسی برای GO کامل) برای شرایط موجود در GO
باریک

از این اسکریپت می توان برای ایجاد یک فایل تداعی ژنی جدید که حاوی بیشترین تعداد است استفاده کرد
پیوندهای باریک GO مربوطه، یا در حالت شمارش، که در این صورت ژن متمایز می دهد
تعداد محصول برای هر ترم باریک

فرمت فایل مرتبط در اینجا توضیح داده شده است:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#پرونده>

ادله

-b سطل لاغر پرونده
این استدلال می افزاید سطل قوانین و مقررات به هستی شناسی باریک؛ برای مشاهده مستندات زیر
یک توضیح فایل هستی شناسی باریک جدید، شامل اصطلاحات سطلی روی آن نوشته خواهد شد
سطل لاغر پرونده

نقشه برداری لاغر نقشه برداری پرونده
این یک فایل نگاشت برای هر عبارت در هستی شناسی کامل ایجاد می کند که هر دو را نشان می دهد
مناسب ترین باریک ترم و تمام اصطلاحات باریک که اجداد هستند. اگر از این استفاده می کنید
گزینه، فایل پیوندهای ژنی را ارائه نکنید

نام های نمایشی
(فقط با -outmap کار می کند)

نام اصطلاح را در فایل slim mapping نشان دهید

-c این کار map2slim را مجبور می کند تا به جای نقشه برداری، تعداد فایل assoc را ارائه دهد

-t هنگامی که همراه با -c خروجی را به گونه ای برگه می کند که تورفتگی منعکس شود
سلسله مراتب درختی در فایل باریک

-o خارج پرونده
با این کار، assocs (یا شمارش) نگاشت شده به جای اینکه در فایل مشخص شده باشد، می‌نویسد
صفحه نمایش

دانلود

این اسکریپت بخشی از برو پرل بسته، در دسترس از CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

این اسکریپت بدون نصب go-perl کار نخواهد کرد

نقشه الگوریتم
GO یک DAG است، نه یک درخت. این بدان معنی است که اغلب بیش از یک مسیر از یک عبارت GO وجود دارد
تا گره ریشه Gene_Ontology. مسیر ممکن است چند عبارت را در باریک قطع کند
هستی شناسی - به این معنی که یک حاشیه نویسی می تواند به چند عبارت باریک نگاشت شود!

(توجه داشته باشید شما باید این را به صورت آنلاین مشاهده کنید تا تصویر زیر را ببینید - اگر این را در آن مشاهده نمی کنید
la http://www.geneontology.org سایت، می توانید به آدرس زیر نگاه کنید:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*checkout*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

یک مثال فرضی دایره‌های آبی عبارت‌ها را در GO باریک نشان می‌دهند و دایره‌های زرد نشان می‌دهند
اصطلاحات در هستی شناسی کامل هستی شناسی کامل، باریک را در بر می گیرد، بنابراین اصطلاحات آبی هستند
همچنین در هستی شناسی

GO ID MAPS به SLIM ID ALL SLIM ACETORS
======================================
5 2+3 2,3,1،XNUMX،XNUMX
6 3 فقط 3,1،XNUMX
7 4 فقط 4,3,1،XNUMX
8 3 فقط 3,1،XNUMX
9 4 فقط 4,3,1،XNUMX
10 2+3 2,3,1،XNUMX،XNUMX

ستون 2 مرتبط ترین شناسه(های) را در نگاشت مستقیم باریک نشان می دهد. 3
ستون تمام اجداد را باریک نشان می دهد.

به طور خاص به نگاشت ID 9 توجه کنید، اگرچه این دو مسیر به ریشه از طریق دارد
باریک از طریق 3 و 4، 3 حذف می شود زیرا با 4 جمع می شود.

از سوی دیگر، 10 نقشه به هر دو 2 و 3، زیرا این هر دو اولین شناسه باریک در
دو مسیر معتبر به ریشه، و هیچ کدام زیرمجموعه دیگری.

الگوریتم استفاده شده عبارت است از:

برای ترسیم هر یک از اصطلاحات در هستی شناسی کامل: تمام مسیرهای معتبر را از طریق گره ریشه در پیدا کنید
هستی شناسی کامل

برای هر مسیر، اولین عبارت باریکی را که در مسیر با آن مواجه می‌شوید، انتخاب کنید

هر گونه عبارت باریک اضافی را در این مجموعه دور بریزید، یعنی شرایط باریک که توسط سایر اصطلاحات باریک جمع شده است
در مجموعه

سطل شرایط
اگر اسکریپت را با گزینه -b اجرا کنید، اصطلاحات سطلی اضافه خواهند شد. برای هر عبارت P در
باریک، اگر P حداقل یک فرزند C داشته باشد، یک اصطلاح P' تحت P ایجاد می شود.
یک اصطلاح جامع برای نگاشت هر عبارتی در هستی شناسی کامل که از نسل P است، اما
در هستی شناسی باریک، از نسل هیچ یک از فرزندان P نیست.

به عنوان مثال، slim generic.0208 دارای شرایط و ساختار زیر است:

% اتصال به DNA GO:0003677
% اتصال کروماتین ; GO:0003682
% فعالیت عامل رونویسی ; GO:0003700, GO:0000130

پس از اضافه کردن شرایط سطل، به شکل زیر در می آید:

% اتصال به DNA GO:0003677
% اتصال کروماتین ; GO:0003682
% فعالیت عامل رونویسی ; GO:0003700 ; مترادف: GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-DNA binding ; slim_temp_id:12

اصطلاحات از هستی شناسی کامل که فرزندان دیگر اتصال DNA هستند، مانند تک
اتصال DNA رشته‌ای و فرزندان آن به عبارت سطلی نگاشت می‌شوند.

اصطلاح سطل دارای یک شناسه باریک است که گذرا است و فقط برای تسهیل در آن وجود دارد
نقشه برداری. نباید به صورت خارجی استفاده شود.

اصطلاح سطل دارای پیشوند Z-OTHER است. Z یک هک برای اطمینان از اینکه این اصطلاح است
همیشه در ترتیب حروف الفبا آخرین لیست شده است.

اگر از اصطلاحات سطلی استفاده شود، الگوریتم کمی اصلاح می شود. اصطلاح سطل دارای یک
رابطه ضمنی با همه خواهر و برادرهای دیگر نه در باریک.

Do I نیاز سطل مقررات؟

امروزه اکثر فایل‌های باریک کاملاً یا تقریباً «کامل» هستند، یعنی هیچ شکافی وجود ندارد.
این بدان معناست که گزینه -b نتایج متفاوت قابل توجهی ایجاد نخواهد کرد. مثلا،
ممکن است ببینید که یک عبارت سطلی OTHER-binding ایجاد شده است، بدون هیچ توضیحی در آن: زیرا همه
فرزندان صحافی در GO در فایل باریک نشان داده شده اند.

گزینه سطل واقعا فقط برای برخی از فایل های باریک بایگانی شده قدیمی تر ضروری است.
که ایستا هستند و به روشی نسبتاً موقتی تولید شده اند. آنها تمایل دارند "شکاف" را جمع کنند
با گذشت زمان (مثلا GO فرزند جدیدی از صحافی اضافه می کند، اما فایل باریک استاتیک تا
تاریخ، بنابراین هر محصول ژنی مشروح شده در این عبارت جدید به OTHER-binding در نگاشت می شود
باریک)

GRAPH اشتباهات
توجه داشته باشید که فایل(های) هستی شناسی باریک ممکن است نسبت به فعلی قدیمی باشد
هستی شناسی.

در حال حاضر map2slim عدم تطابق نمودار بین نمودار باریک و نمودار در
فایل هستی شناسی کامل؛ آنتولوژی کامل را به عنوان گراف واقعی در نظر می گیرد. با این حال
اگر انتخاب کنید از آنتولوژی باریک برای قالب بندی نتایج استفاده می شود -t -c به عنوان گزینه

OUTPUT
در حالت عادی، یک فایل انجمن ژن با فرمت استاندارد نوشته خواهد شد. ستون GO ID
(5) حاوی شناسه های باریک GO است. نقشه برداری مربوط به ستون 2 جدول است
در بالا. توجه داشته باشید که فایل خروجی ممکن است دارای خطوط بیشتری نسبت به فایل ورودی باشد. این هست
زیرا برخی از شناسه های کامل GO بیش از یک شناسه باریک مربوطه دارند.

COUNT MODE

map2slim را می توان با گزینه -c اجرا کرد که تعداد ژن های متمایز را نشان می دهد
محصولاتی که به هر ترم باریک نقشه برداری می شوند. ستون ها به شرح زیر است

GO ترم
ستون اول شناسه GO و به دنبال آن نام اصطلاح است (نام اصطلاح به صورت ارائه شده است
آن را در هر دو هستی شناسی GO و Slim یافت می شود - اینها معمولاً یکسان هستند
اما گاهی اوقات فایل باریک از تغییرات در فایل GO عقب می ماند)

تعداد محصولات ژنی که این واژه مربوط به آنها است
تعداد محصولات ژنی متمایز که برای آنها مناسب ترین/مستقیم باریک است
شناسه. منظور ما از مستقیم ترین این است که یا ارتباط مستقیماً با این اصطلاح ساخته شده است،
یا این ارتباط برای یک کودک با این ترم لاغر انجام می شود و هیچ کودک لاغری وجود ندارد
اصطلاحی که انجمن به آن نگاشت.

برای اکثر افراد لاغر، این تعداد معادل تعداد انجمن ها به طور مستقیم خواهد بود
به این واژه باریک نگاشت شده است. با این حال، برخی از فایل‌های باریک قدیمی‌تر از این نظر «لکه‌دار» هستند
اعتراف به "شکاف". به عنوان مثال، اگر لاغر دارای تمام فرزندان "فرایند بیولوژیکی" با
به استثنای "رفتار"، تمام حاشیه نویسی به "رفتار" یا فرزندان آن خواهد بود
اینجا شمارش شد

مثال زیر را ببینید

تعداد محصولات ژنی استنباط شده است که با باریک مدت مرتبط هستند
و تعداد محصولات ژنی متمایز که به هر یک از فرزندان آن مشروح شده است
ID باریک (یا به طور مستقیم به شناسه باریک مشروح شده است).

پرچم منسوخ شدن
GO هستی شناسی

برای مثال زدن؛ اگر از -t و -c به صورت زیر استفاده کنیم:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

سپس بخشی از نتایج ممکن است به این صورت باشد:

GO:0008150 biological_process (biological_process) 34 10025 biological_process
GO:0007610 رفتار (رفتار) 632 632 فرآیند_بیولوژیکی
GO:0000004 فرآیند بیولوژیکی ناشناخته (فرآیند بیولوژیکی ناشناخته) 832 832 biological_process
GO:0007154 ارتباطات سلولی (ارتباط سلولی) 333 1701 بیولوژیکی_فرایند
GO:0008037 شناسایی سلول (تشخیص سلول) 19 19 فرآیند_بیولوژیکی
19 محصول به GO:0008037 یا یکی از فرزندان آن نقشه برداری شد. (GO:0008037 یک گره برگ در باریک است، بنابراین این دو شمارش یکسان هستند).

از سوی دیگر، GO:0008150 فقط 34 محصول دریافت می کند که این مربوط به آنها است.
مدت، اصطلاح. این به این دلیل است که بیشتر حاشیه نویسی ها به برخی از فرزندان GO:0008150 در باریک،
مانند GO:0007610 (رفتار). این 34 محصول ژنی یا مستقیماً مشروح می شوند
GO:0008150، یا به فرزندی از این اصطلاح که چندان باریک نیست. این می تواند اشاره کند
"شکاف" در باریک. توجه داشته باشید که اجرای map2slim با گزینه -b این شکاف‌ها را «وصل می‌کند».
با اصطلاحات پرکننده مصنوعی

با استفاده از خدمات onworks.net از map2slimp آنلاین استفاده کنید