mdrun_mpi.mpich - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-mdrun - یک شبیه سازی انجام دهید، یک تحلیل حالت عادی یا یک کمینه سازی انرژی انجام دهید

خلاصه

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-جدول [<.xvg>]]
[-تبلت [<.xvg>]] [-میز [<.xvg>]] [-tableb [<.xvg>]]
[-تکرار [<.xtc/.trr/...>]] [-یی [<.edi>]]
[- multidir [ [...]]] [-عضو شد [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[- دقیقه [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-رشته [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-معتبر [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-رو [<.xvg>]] [-را [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-اگر [<.xvg>]] [-مبادله [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-DD ] [-دوردر ]
[-npme ] [-نه ] [-ntmpi ] [-نتومپ ]
[-ntomp_pme ] [پین ] [پینوفست ]
[پین استرید ] [-gpu_id ] [-[no]ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[no]tunepme]
[- [نه] v] [- [نه] فشرده] [-نیروی ] [- [نه] بازتولید]
[-cpt ] [-[no]cpnum] [- [نه] ضمیمه] [-nsteps ]
[-maxh ] [-مولتی ] [-رپلکس ] [-نکس ]
[-بذر ]

شرح

این نسخه of la برنامه اراده فقط اجرا در حین با استفاده از la MPICH موازی محاسبه
کتابخانه دیدن mpirun(1). استفاده کنید la طبیعی gmx(1) برنامه برای معمولی تک رشته ای
عملیات.

gmx mdrun موتور اصلی شیمی محاسباتی در GROMACS است. بدیهی است که آن
شبیه سازی دینامیک مولکولی را انجام می دهد، اما می تواند دینامیک استوکاستیک را نیز انجام دهد،
به حداقل رساندن انرژی، درج ذرات آزمایشی یا (دوباره) محاسبه انرژی ها. حالت عادی
تجزیه و تحلیل گزینه دیگری است. در این مورد mdrun یک ماتریس Hessian از تک می سازد
ساختار. برای محاسبات معمولی مانند حالت‌های عادی، مطمئن شوید که ساختار
ارائه شده به درستی انرژی به حداقل می رساند. ماتریس تولید شده را می توان به صورت مورب قرار داد gmx
nmeig.

La mdrun برنامه فایل ورودی اجرا شده را می خواند (-s) و توپولوژی را بر روی رتبه های if توزیع می کند
مورد نیاز است mdrun حداقل چهار فایل خروجی تولید می کند. یک فایل گزارش واحد (-g) نوشته شده است.
فایل مسیر (-o)، شامل مختصات، سرعت ها و نیروها می باشد. در
فایل ساختار (-c) شامل مختصات و سرعت آخرین مرحله است. انرژی
فایل (-e) حاوی انرژی ها، دما، فشار و غیره است که بسیاری از این موارد هستند
همچنین در فایل لاگ چاپ شده است. به صورت اختیاری مختصات را می توان به صورت فشرده نوشت
فایل مسیر (-x).

گزینه -dhdl فقط زمانی استفاده می شود که محاسبه انرژی آزاد روشن باشد.

اجرای موازی کارآمد mdrun یک موضوع پیچیده است که بسیاری از جنبه های آن هستند
در راهنمای کاربر آنلاین پوشش داده شده است. شما باید در آنجا به دنبال توصیه های عملی در مورد استفاده از بسیاری باشید
از گزینه های موجود در mdrun.

نمونه برداری ED (دینامیک ضروری) و/یا پتانسیل های سیل اضافی توسط
با استفاده از -یی پرچم و به دنبال آن یک .edi فایل. این .edi فایل را می توان با
make_edi ابزار یا با استفاده از گزینه های موجود در منوی essdyn برنامه WHAT IF. mdrun
تولید می کند xvg فایل خروجی که حاوی پیش بینی موقعیت ها، سرعت ها و نیروها است
بر روی بردارهای ویژه انتخاب شده

هنگامی که توابع بالقوه تعریف شده توسط کاربر در mdp فایل -جدول
گزینه برای عبور استفاده می شود mdrun یک جدول قالب بندی شده با توابع بالقوه فایل خوانده می شود
از دایرکتوری فعلی یا از GMXLIB فهرست راهنما. تعدادی از پیش فرمت شده
جداول در ارائه شده است GMXLIB dir، برای 6-8، 6-9، 6-10، 6-11، 6-12 لنارد-جونز
پتانسیل با کولن معمولی هنگامی که تعاملات جفت وجود دارد، یک جدول جداگانه برای
توابع تعامل جفت با استفاده از -میز گزینه.

وقتی توابع پیوندی جدول بندی شده در توپولوژی وجود دارند، توابع برهمکنش هستند
با استفاده از -tableb گزینه. برای هر تعامل جدول بندی شده متفاوت، جدول را تایپ کنید
نام فایل به روش دیگری اصلاح می‌شود: قبل از پسوند فایل، یک زیرخط است
اضافه شده، سپس یک b برای پیوندها، یک 'a' برای زاویه ها یا یک 'd' برای دو وجهی و در نهایت
شماره جدول از نوع تعامل.

گزینه ها -px و -pf برای نوشتن مختصات pull COM و نیروهای هنگام کشیدن استفاده می شود
در انتخاب شده است mdp فایل.

در نهایت برخی از الگوریتم‌های تجربی را می‌توان زمانی که گزینه‌های مناسب وجود داشت، آزمایش کرد
داده شده. در حال حاضر تحت بررسی عبارتند از: قطبش پذیری.

گزینه -عضو شد کاری را که قبلاً g_membed بود انجام می دهد، یعنی یک پروتئین را در یک غشاء جاسازی می کند.
این ماژول به تعدادی تنظیمات نیاز دارد که در یک فایل داده ارائه شده است
استدلال این گزینه برای جزئیات بیشتر در مورد تعبیه غشا، به مستندات در مراجعه کنید
راهنمای کاربر گزینه ها - دقیقه و -mp برای ارائه فایل های فهرست و توپولوژی استفاده می شود
برای تعبیه استفاده می شود.

گزینه -نیروی زمانی مفید است که مشکوک به خرابی یک شبیه سازی به دلیل بزرگ بودن آن هستید
نیروها با این گزینه مختصات و نیروهای اتم هایی با نیروی بزرگتر از a
مقدار مشخصی در stderr چاپ خواهد شد.

نقاط بازرسی حاوی وضعیت کامل سیستم در فواصل زمانی معین نوشته می شود
(گزینه -cpt) به فایل -cpo، مگر اینکه گزینه -cpt روی -1 تنظیم شده است. ایست بازرسی قبلی
پشتیبان گیری می شود state_prev.cpt مطمئن شوید که وضعیت اخیر سیستم همیشه است
در دسترس است، حتی زمانی که شبیه سازی در حین نوشتن یک ایست بازرسی خاتمه یابد. با -cpnum
تمام فایل های ایست بازرسی نگهداری می شوند و با شماره مرحله ضمیمه می شوند. یک شبیه سازی می تواند باشد
با خواندن حالت کامل از فایل با گزینه ادامه یافت -cpi. این گزینه هوشمند است
به این صورت که اگر هیچ فایل ایست بازرسی پیدا نشد، GROMACS فقط یک اجرای عادی را در نظر می گیرد و
از اولین مرحله شروع می شود tpr فایل. به طور پیش فرض خروجی به اضافه می شود
فایل های خروجی موجود فایل ایست بازرسی شامل جمع‌بندی تمام فایل‌های خروجی است،
به طوری که وقتی برخی از فایل های خروجی تغییر، خراب یا خراب شده اند، هرگز داده ها را از دست نخواهید داد
حذف شده. سه سناریو با -cpi:

* هیچ فایلی با نام منطبق وجود ندارد: فایل های خروجی جدید نوشته می شوند

* همه فایل‌ها با نام‌ها و جمع‌های کنترلی مطابق با موارد ذخیره شده در ایست بازرسی وجود دارند
فایل: فایل ها ضمیمه شده اند

* در غیر این صورت هیچ فایلی اصلاح نمی شود و یک خطای مرگبار ایجاد می شود

با -نه اضافه فایل های خروجی جدید باز می شوند و شماره قسمت شبیه سازی به همه اضافه می شود
نام فایل های خروجی توجه داشته باشید که در همه موارد خود فایل چک پوینت تغییر نام ندارد و
بازنویسی خواهد شد، مگر اینکه نام آن با آن مطابقت نداشته باشد -cpo گزینه.

با چک پوینت، خروجی به فایل های خروجی نوشته شده قبلی اضافه می شود، مگر اینکه
-نه اضافه استفاده می شود یا هیچ یک از فایل های خروجی قبلی وجود ندارد (به جز
فایل ایست بازرسی). یکپارچگی فایل‌هایی که باید ضمیمه شوند با استفاده از چک‌سام تأیید می‌شود
که در فایل چک پست ذخیره می شوند. این تضمین می کند که خروجی نمی تواند مخلوط شود یا
به دلیل الحاق فایل خراب شده است. زمانی که فقط برخی از فایل های خروجی قبلی وجود دارند،
یک خطای مهلک ایجاد می شود و هیچ فایل خروجی قدیمی اصلاح نمی شود و هیچ فایل خروجی جدیدی وجود ندارد
باز می شوند. نتیجه با اضافه کردن، مانند یک اجرا خواهد بود. در
محتویات باینری یکسان خواهند بود، مگر اینکه از تعداد رتبه های متفاوت یا پویا استفاده کنید
تعادل بار یا کتابخانه FFT از بهینه سازی ها از طریق زمان بندی استفاده می کند.

با گزینه -maxh یک شبیه سازی خاتمه یافته و یک فایل چک پوینت در ابتدا نوشته می شود
مرحله جستجوی همسایه که در آن زمان اجرا بیشتر است -maxh* 0.99 ساعت. این گزینه است
به خصوص در ترکیب با تنظیم مفید است nsteps به -1 یا در mdp یا با استفاده از
گزینه خط فرمان با نام مشابه. این منجر به اجرای بی نهایت، فقط خاتمه می شود
زمانی که محدودیت زمانی تعیین شده توسط -maxh (در صورت وجود) یا با دریافت سیگنال می رسد.

چه زمانی mdrun یک سیگنال TERM دریافت می کند، nsteps را به مرحله فعلی به اضافه یک تنظیم می کند. چه زمانی
mdrun یک سیگنال INT دریافت می کند (مثلاً وقتی ctrl+C فشار داده می شود)، بعد از بعدی متوقف می شود
مرحله جستجوی همسایه (با nstlist=0 در مرحله بعد). در هر دو مورد همه معمول است
خروجی در فایل نوشته می شود. هنگام اجرا با MPI، یک سیگنال به یکی از mdrun صفوف
کافی است، این سیگنال نباید به mpirun یا the ارسال شود mdrun فرآیند که است
پدر و مادر بقیه

دینامیک مولکولی تعاملی (IMD) را می توان با استفاده از حداقل یکی از سه مورد فعال کرد
سوئیچ های IMD: -imdterm سوئیچ به فرد اجازه می دهد تا شبیه سازی را از روی خاتمه دهد
نمایشگر مولکولی (به عنوان مثال VMD). با -منتظر, mdrun هر زمان که هیچ مشتری IMD نباشد، مکث می کند
متصل. کشیدن از ریموت IMD را می توان با روشن کرد -imdpull. بندر mdrun
گوش می دهد را می توان با تغییر داد -imdport.فایل اشاره شده توسط -اگر شامل شاخص های اتمی و
در صورت استفاده از کشش IMD نیرو می گیرد.

چه زمانی mdrun با MPI شروع می شود، به طور پیش فرض خوب اجرا نمی شود.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (اختیاری)
فایل ایست بازرسی

-جدول [<.xvg>] (table.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-تبلت [<.xvg>] (tabletf.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-میز [<.xvg>] (table.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-tableb [<.xvg>] (table.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-تکرار [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-یی [<.edi>] (sam.edi) (اختیاری)
ورودی نمونه برداری ED

- multidir [ [...]] (راندر) (اختیاری)
دایرکتوری را اجرا کنید

-عضو شد [<.dat>] (membed.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

-mp [<.top>] (membed.top) (اختیاری)
فایل توپولوژی

- دقیقه [<.ndx>] (membed.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (اختیاری)
مسیر فشرده (فرمت tng یا فرمت xdr قابل حمل)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (اختیاری)
فایل ایست بازرسی

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
فایل انرژی

-g [<.log>] (md.log)
ورود به سیستم فایل

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-رشته [<.xvg>] (field.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-معتبر [<.xvg>] (deviatie.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-رو [<.xvg>] (rotation.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-را [<.log>] (rotangles.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-rt [<.log>] (rottorque.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (اختیاری)
ماتریس هسی

-dn [<.ndx>] (dipole.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-اگر [<.xvg>] (imdforces.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-مبادله [<.xvg>] (swapions.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-deffnm
نام فایل پیش فرض را برای همه گزینه های فایل تنظیم کنید

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-DD (0 0 0)
شبکه تجزیه دامنه، 0 بهینه است

-دوردر (میانگین)
ترتیب رتبه DD: interleave، pp_pme، دکارتی

-npme (-1)
تعداد رتبه های جداگانه ای که برای PME استفاده می شود، -1 حدس است

-نه (0)
تعداد کل موضوعات برای شروع (0 حدس است)

-ntmpi (0)
تعداد رشته‌های thread-MPI برای شروع (0 حدس می‌زند)

-نتومپ (0)
تعداد رشته‌های OpenMP در هر رتبه MPI برای شروع (0 حدس زده می‌شود)

-ntomp_pme (0)
تعداد رشته‌های OpenMP در هر رتبه MPI برای شروع (0 -ntomp است)

پین (خودکار)
آیا mdrun باید سعی کند پیوندهای رشته را تنظیم کند: خودکار، روشن، خاموش

پینوفست (0)
کمترین عدد هسته منطقی که mdrun باید اولین رشته را به آن پین کند

پین استرید (0)
پین کردن فاصله در هسته های منطقی برای رشته ها، از 0 برای به حداقل رساندن تعداد استفاده کنید
رشته ها در هر هسته فیزیکی

-gpu_id
فهرست شناسه‌های دستگاه GPU برای استفاده، رتبه PP هر گره را برای نگاشت GPU مشخص می‌کند.

-[no]ddcheck (آره)
تمام تعاملات پیوندی با DD را بررسی کنید

-rdd (0)
حداکثر فاصله برای برهمکنش های پیوندی با DD (nm)، 0 از تعیین می شود
مختصات اولیه

-rcon (0)
حداکثر فاصله برای P-LINCS (nm)، 0 تخمین زده می شود

-dlb (خودکار)
متعادل کننده بار دینامیک (با DD): خودکار، خیر، بله

-dds (0.8)
کسری در (0,1،XNUMX) که با متقابل آن اندازه سلول DD اولیه افزایش می یابد
به منظور ایجاد حاشیه ای که در آن تعادل بار دینامیکی می تواند با حفظ عمل کند
حداقل اندازه سلول

-gcom (-1)
فرکانس ارتباط جهانی

-nb (خودکار)
محاسبه تعاملات غیر پیوندی در: خودکار، cpu، gpu، gpu_cpu

-nstlist (0)
تنظیم nstlist هنگام استفاده از تحمل بافر Verlet (0 حدس است)

-[no]tunepme (آره)
بار PME را بین رتبه های PP/PME یا GPU/CPU بهینه کنید

- [نه] v (نه)
پر سر و صدا و پر سر و صدا باشید

- [نه] فشرده (آره)
یک فایل گزارش فشرده بنویسید

-نیروی (-1)
چاپ تمام نیروهای بزرگتر از این (kJ/mol nm)

- [نه] بازتولید (نه)
سعی کنید از بهینه سازی هایی که بر تکرارپذیری باینری تأثیر می گذارد اجتناب کنید

-cpt (15)
فاصله ایست بازرسی (دقیقه)

-[no]cpnum (نه)
فایل های ایست بازرسی را نگه دارید و شماره گذاری کنید

- [نه] ضمیمه (آره)
هنگام ادامه از ایست بازرسی به جای اضافه کردن، به فایل های خروجی قبلی اضافه کنید
شماره قسمت شبیه سازی برای همه نام فایل ها

-nsteps (-2)
این تعداد مرحله را اجرا کنید، گزینه فایل mdp. را لغو کنید (-1 به معنی بی نهایت، -2 به معنای
از گزینه mdp استفاده کنید، کوچکتر نامعتبر است)

-maxh (-1)
خاتمه پس از 0.99 بار این بار (ساعت)

-مولتی (0)
چندین شبیه سازی را به صورت موازی انجام دهید

-رپلکس (0)
مبادله ماکت به صورت دوره ای با این دوره (مراحل)

-نکس (0)
تعداد مبادلات تصادفی برای انجام هر بازه مبادله (N^3 یکی است
پیشنهاد). -nex zero یا مشخص نشده است تبادل replica همسایه را می دهد.

-بذر (-1)
دانه برای تبادل ماکت، -1 یک دانه تولید می کند

با استفاده از خدمات onworks.net از mdrun_mpi.mpich به صورت آنلاین استفاده کنید