مریل - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

مریل - شمارش کیلومترهای درون و برون هسته ای و ابزارهای برق

خلاصه

تخمین حافظه مقررات
مریل -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

مریل -P -m kmersize [-c #] [-p] -n مرکانت

بنا a جدول
مریل -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L وقوع کوچک] [-U حداکثر وقوع]
[-موضوعات n | {-بخش ها بخش ها | خاطره مگابایت} [- دسته پیکربندی [-sge اسم شغل]]]
-s seq.fasta -o پیشوند tbl

مریل تعداد دسته عدد [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o پیشوند tbl

مریل -ادغام دسته عدد [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o پیشوند tbl

انجام عملیات on a جدول
مریل -M عمل [-v] -s پیشوند tbl [-s tblprefix2 ...] -o تولید

روبرداری a جدول
مریل -Dh -s پیشوند tbl

مریل -Dt -n خرده حساب -s پیشوند tbl

شرح

مریل محتوای کیلومتر توالی های ژنومی را محاسبه می کند. محتوای Kmer به صورت یک نشان داده می شود
لیست کیلومترها و تعداد دفعاتی که هر کدام در توالی های ورودی رخ می دهند. کیلومتر می تواند باشد
فقط به کیلومترر رو به جلو، فقط کیلومتر معکوس یا کیلومترمر متعارف محدود می شود
(از لحاظ واژگانی کوچکتر از کیلومتر جلو و معکوس در هر مکان). مریل می توان
هیستوگرام شمارش ها، لیست کیلومترها و شمارش آنها را گزارش کنید یا می توانید انجام دهید
عملیات ریاضی و تنظیم روی فایل های داده پردازش شده.

خروجی از مریل دو فایل باینری است که به نام پایگاه داده مریل نامیده می شود که می تواند سریع باشد
برای ارائه هیستوگرام شمارش ها یا شمارش های واقعی ریخته می شود. یک کتابخانه ++C ارائه شده است
برای دسترسی مستقیم به فایل ها

OPTIONS

-P برآورد مورد نیاز حافظه با توجه به یک فایل توالی (-s) یا حد بالایی در
تعداد mers موجود در فایل (-n، اندازه جدول را محاسبه کنید (-t در ساخت) برای به حداقل رساندن
استفاده از حافظه این حالت گزینه های زیر را تشخیص می دهد:

-m # اندازه یک mer (الزامی)

-c # فشرده سازی هموپلیمر (اختیاری)

-p موقعیت ها را فعال کنید

-s seq.fasta
فایل دنباله ای که باید برای تعیین تعداد مرها اسکن شود

-n # محاسبه پارامترها با فرض فایل با این مقدار mers در آن

فقط یکی از -s, -n باید مشخص شود. اگر هر دو داده شود، -s اولویت دارد

-B جداول mer-count را با یک فایل دنباله محاسبه کنید (-s) و بسیاری از پارامترها. توسط
به طور پیش فرض، هر دو رشته پردازش می شوند.

-f فقط برای رشته جلو بسازید

-r فقط برای رشته معکوس بسازید

-C استفاده از مرس متعارف (هر دو رشته را فرض می کند)

-L # مرواریدهایی را که کمتر از # بار اتفاق می‌افتند، ذخیره نکنید

-U # مری که بیش از # بار رخ می دهد ذخیره نکنید

-m # اندازه یک mer (الزامی)

-c # فشرده سازی هموپلیمر (اختیاری)

-p موقعیت ها را فعال کنید

-s seq.fasta
دنباله ای برای ساخت جدول برای

-o پیشوند tbl
پیشوند جدول خروجی

-v کاربر را سرگرم کند

La مریل فرآیند می تواند در یک دسته حافظه بزرگ، در بسیاری از دسته های حافظه کوچک اجرا شود،
یا تحت کنترل SGE، همه با یا بدون استفاده از چندین هسته CPU. به صورت پیش فرض،
محاسبات به عنوان یک فرآیند متوالی بزرگ انجام می شود. عملیات چند رشته ای
ممکن است، با هزینه حافظه اضافی، همانطور که عملیات بخش بندی شده، با هزینه اضافی
هزینه ورودی/خروجی

موضوع عمل
شمارش را به n قطعه تقریباً مساوی تقسیم کنید. این از یک اضافی استفاده می کند
h مگابایت (از -P) در هر رشته.

-موضوعات n
استفاده کنید n موضوعات برای ساخت

تقسیم بندی شده، متوالی عمل
شمارش را به قطعاتی تقسیم کنید که بیشتر از m مگابایت نباشد
حافظه یا به n قطعه با اندازه مساوی. هر قطعه به صورت متوالی محاسبه می شود،
و نتایج در پایان ادغام می شوند. فقط یکی از خاطره و -بخش ها is
مورد نیاز است

خاطره m
حداکثر استفاده کنید m مگابایت حافظه در هر بخش

-بخش ها n
استفاده کنید n بخش ها

تقسیم بندی شده، دسته ای عمل
همان ترتیبی است، با این تفاوت که این اجازه می دهد تا هر بخش به صورت دستی اجرا شود
به موازات. فقط یکی از خاطره و -بخش ها لازم است. همچنین ببینید
مثال بخش در این صفحه

خاطره m
حداکثر استفاده کنید m مگابایت حافظه در هر بخش

-بخش ها n
استفاده کنید n بخش ها

- دسته پیکربندی
دسته ها را ایجاد کنید

تعداد دسته n
اجرا شماره دسته n

-ادغام دسته
دسته ها را ادغام کنید

حالت دسته‌ای می‌تواند روی شبکه اجرا شود.

-sge اسم شغل
نام شغلی منحصر به فرد برای این اجرا. مریل مشاغل را با نام ارسال می کند
mpاسم شغل، ncاسم شغل، نانومتراسم شغل، برای فازها آماده، شمارش و ادغام می شوند.

-sgebuild "گزینه ها"

-sgemerge "گزینه ها"
هر گزینه اضافی به qsub(1) (به عنوان مثال، "-p -153 -پلی اتیلن نخ 2 -A
merylaccount") NB - -N نادیده گرفته خواهد شد NB - حتماً آن را نقل کنید
گزینه های

-M با توجه به لیستی از جداول، یک عملیات ریاضی، منطقی یا آستانه انجام دهید. مگر اینکه
مشخص شده، تمام عملیات ها هر تعداد پایگاه داده را می گیرند. عملیات ریاضی عبارتند از:

دقیقه count حداقل تعداد برای همه پایگاه های داده است. اگر mer در وجود نداشته باشد
همه پایگاه‌های داده، mer تعداد صفر دارد و در خروجی نیست.

مین وجود
count حداقل تعداد برای همه پایگاه های داده حاوی mer است

حداکثر count حداکثر تعداد برای همه پایگاه های داده است

اضافه کردن count مجموع شمارش ها برای همه پایگاه های داده است

زیر تعداد اولین منهای دوم است (فقط باینری)

ABS شمارش قدر مطلق اولی منهای دوم است (فقط باینری)

عملیات منطقی عبارتند از:

و خروجی mer اگر در همه پایگاه داده وجود داشته باشد

نادان خروجی mer اگر حداقل در یک، اما نه در همه پایگاه داده ها وجود داشته باشد

or خروجی mer اگر حداقل در یک پایگاه داده وجود داشته باشد

XOR خروجی mer اگر در تعداد فرد پایگاه داده وجود داشته باشد

عملیات آستانه عبارتند از:

کمتر از x
اگر تعداد آن < x باشد mer را خروجی می کند

کمتر از برابر x
اگر تعداد <= x داشته باشد mer را خروجی می کند

بزرگتر از x
اگر تعداد > x داشته باشد mer را خروجی می دهد

بزرگتر یا مساوی x
اگر تعداد >= x داشته باشد mer را خروجی می کند

برابر x
خروجی mer اگر تعداد == x داشته باشد

عملیات آستانه دقیقاً روی یک پایگاه داده کار می کند.

-s پیشوند tbl
استفاده کنید پیشوند tbl به عنوان یک پایگاه داده

-o پیشوند tbl
این خروجی را ایجاد کنید

-v کاربر را سرگرم کند

-D میز کمپرسی (همه اینها کار نمی کنند)

-DD یک هیستوگرام از فاصله بین همان مروارید بریزید.

-Dt Dump mers >= یک آستانه. استفاده کنید -n برای تعیین آستانه

-دی سی تعداد مرها، مرهای متمایز و مرهای منحصر به فرد را بشمارید.

-Dh یک هیستوگرام از شمارش mer را تخلیه کنید (برای stdout).

-s جدول شمارش را از اینجا بخوانید (mcdat. یا mcidx. را کنار بگذارید).

مثال

دسته ایجاد of a جدول
محاسبه را با - دسته پیکربندی، که به تمام گزینه های ساخت نیاز دارد. همه را اجرا کنید
تعداد دسته پس مشاغل -ادغام دسته برای تکمیل.

مریل - دسته پیکربندی -B [گزینه ها] -o پرونده
مریل تعداد دسته 0 -o پرونده
مریل تعداد دسته 1 -o پرونده
...
مریل تعداد دسته N -o پرونده
مریل -ادغام دسته N -o پرونده

از مریل آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید