این دستور متاستودنت است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
متاسودنت - پیش بینی کننده اصطلاحات هستی شناسی ژن از توالی پروتئین
خلاصه
فرا دانش آموز -i FASTA_FILE -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--silent]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies=MTF or BPO or CCO or
MFO، BPO or ...] [--با-تصاویر] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(های)]
[--temp-dir=DIR] [--config=CONFIG_FILE] !!! مطمئن شوید که فایل fasta شما حداکثر 500 عدد داشته باشد
سکانس ها!!!
شرح
Metastudent اصطلاحات هستی شناسی ژن (GO) را از هستی شناسی عملکرد مولکولی (MFO) پیش بینی می کند.
هستی شناسی فرآیند بیولوژیکی (BPO) و هستی شناسی اجزای سلولی (CCO) برای پروتئین ورودی
توالی با استنباط مبتنی بر همسانی از پروتئین های از قبل مشروح شده است.
فایل های داده بزرگ (در مجموع 1 گیگابایت) لازم برای عملکرد متاستودنت دانلود می شود
به طور خودکار در اولین استفاده از برنامه. دانلود قابل راه اندازی مجدد است. شما همچنین می توانید
تماس صریح با
داده های فرادانشجو (به طور پیش فرض /usr/bin/metastudentdata) برای دانلود فایل های داده.
در صورتی که دایرکتوری داده (به طور پیش فرض /usr/share/metastudent-data) قابل نوشتن نباشد و
شما روت نیستید، عملیات است
دوباره تلاش کرد کد: sudo(8).
تولید قالب
برای هر هستی شناسی انتخاب شده (نگاه کنید به - هستی شناسی ها، یک فایل خروجی تولید می شود (نگاه کنید به -o) هر یک
خط در هر فایل یک پروتئین را با یک اصطلاح GO و یک قابلیت اطمینان برای آن مرتبط می کند
ارتباط (0.0 تا 1.0). فرمت زیر استفاده می شود:
شناسه >
مراجع
هامپ، تی، کاسنر، آر.، سیمایر، اس.، ویسیدو، ای.، شفر، سی، آچتن، دی، ... و روست، بی.
(2013). استنتاج مبتنی بر همسانی نوار را برای پیش‌بینی عملکرد پروتئین بالا می‌برد. BMC
بیوانفورماتیک، 14 (ضمیمه 3)، S7.
OPTIONS
-i FASTA_FILE
فایل فستای ورودی لطفاً سعی کنید هر قالب بندی خاصی را حذف کنید (مثلاً فضاهای خالی)
در دنباله ها قبل از استفاده از آنها به عنوان ورودی. به دلیل استفاده از حافظه زیاد، مطمئن شوید که
فایل fasta حداکثر شامل 500 دنباله است.
-o RESULT_FILE_PREFIX
پیشوند نام فایل فایل های خروجی. اصطلاحات GO در هستی شناسی سازماندهی شده اند.
Metatstudent با هر هستی شناسی متفاوت رفتار می کند و برای هر کدام یک فایل نتیجه را خروجی می دهد.
به عنوان مثال، اگر =./myresult و MFO (Molecular Function Ontology) و BPO
هستی شناسی های فرآیند بیولوژیکی (Biological Process Ontology) انتخاب شده اند (به گزینه مراجعه کنید - هستی شناسی ها)، سپس
metastudent دو فایل خروجی ایجاد می کند: ./myresult.MFO.txt و ./myresult.BPO.txt.
- رفع اشکال
پیام های رفع اشکال اضافی را چاپ کنید.
-- نگه داشتن دمای
آیا پس از اتمام متاستودنت، دایرکتوری‌های موقت حفظ شوند (می‌توانند باشند
هنگامی که خطا رخ می دهد یا در ترکیب با --blast-kickstart-پایگاه های داده).
--بی صدا
بدون پیام پیشرفت (stdout)، فقط خطا (stderr).
--خروجی- انفجار
خروجی نتیجه اجرای BLAST. مفید در ترکیب با
--blast-kickstart-پایگاه های داده. فرمت نام فایل خروجی است
RESULT_FILE_PREFIX. انفجار.
- فقط انفجار
این که آیا فقط نتیجه BLAST اجرا می شود و نه چیز دیگری. گزینه ها را ببینید
--خروجی- انفجار و --blast-kickstart-پایگاه های داده.
--همه پیش بینی ها
خروجی نتایج پیش‌بینی پیش‌بینی‌کننده‌های فردی. نام فایل
فرمت فایل خروجی است . . txt.
--بدون نام
آیا نام‌های اصطلاح GO واقعی به‌عنوان یک ستون در پیش‌بینی خروجی حذف شوند یا خیر
فایل ها).
--با-تصاویر
آیا می‌توان تصویری تولید کرد که عبارت‌های GO پیش‌بینی‌شده را به‌عنوان نمودار GO نمایش دهد.
این گزینه فقط با یک دنباله ورودی و فقط در صورت اتصال قابل استفاده است
به اینترنت
-- هستی شناسی =MTF or BPO or CCO or MFO، BPO or ...
فهرستی از هستی شناسی ها با کاما جدا شده برای ایجاد پیش بینی. پیش فرض است
MFO، BPO، CCO. اگر در ترکیب با --blast-kickstart-پایگاه های داده، تعداد و
ترتیب هستی شناسی ها باید با فایل های کیک استارت مطابقت داشته باشد.
--blast-kickstart-databases=
از آنجایی که اجرای BLAST معمولاً قسمتی است که در متاستودنت بیشترین زمان را می برد، این
این گزینه به شما امکان می دهد تا از خروجی اجرای قبلی مجدد استفاده کنید. این برای آزمایش مفید است
به عنوان مثال، پارامترهای مختلف یا زمانی که یک پیش بینی را از دست داده اید. تعداد
فایل های kickstart باید با تعداد هستی شناسی ها مطابقت داشته باشند (به گزینه مراجعه کنید - هستی شناسی ها).
مسیرهای فایل را با کاما از هم جدا کنید. مثلا:
--blast-kickstart-databases= ، (شروع برای هر دو
هستی شناسی ها) یا --blast-kickstart-databases=، (فقط شروع BPO؛
به کاما توجه کنید).
--temp-dir=DIR
دایرکتوری temp والد برای استفاده به جای دایرکتوری مشخص شده با tmpDir در
فایل پیکربندی metastudent.
--config=FILE
مسیر فایل پیکربندی متاستودنت سفارشی؛ همه تنظیمات را لغو می کند
فایل های پیکربندی موجود در بخش FILES این صفحه مرد.
با استفاده از خدمات onworks.net از metastudent آنلاین استفاده کنید
