انگلیسیفرانسویاسپانیایی

اجرای سرورها | Ubuntu > | Fedora > |


فاویکون OnWorks

mfa2xmfa - آنلاین در ابر

mfa2xmfa را در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks از طریق Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا کنید.

این دستور mfa2xmfa است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.

برنامه:

نام


addUnalignedIntervals - بخشی از بسته mauveAligner
alignmentProjector - بخشی از بسته mauveAligner
backbone_global_to_local - بخشی از بسته mauveAligner
bbAnalyze - بخشی از بسته mauveAligner
createBackboneMFA - بخشی از بسته mauveAligner
getAlignmentWindows - بخشی از بسته mauveAligner
getOrthologList - بخشی از بسته mauveAligner
makeBadgerMatrix - بخشی از بسته mauveAligner
mauveToXMFA - بخشی از بسته mauveAligner
mfa2xmfa - بخشی از بسته mauveAligner
projectAndStrip - بخشی از بسته mauveAligner
randomGeneSample - بخشی از بسته mauveAligner
scoreAlignment - بخشی از بسته mauveAligner
stripGapColumns - بخشی از بسته mauveAligner
stripSubsetLCBs - بخشی از بسته mauveAligner
toGrimmFormat - بخشی از بسته mauveAligner
toMultiFastA - بخشی از بسته mauveAligner
toRawSequence - بخشی از بسته mauveAligner
uniqueMerCount - بخشی از بسته mauveAligner
uniquifyTrees - بخشی از بسته mauveAligner
xmfa2maf - بخشی از بسته mauveAligner

شرح


این ابزارها متعلق به بسته mauveAligner هستند. آنها به صراحت مستند نیستند اما
در حال چاپ یک خط خلاصه که در اینجا تکرار شده است.

addUnalignedIntervals فاصله فایل> <output فاصله فایل>

تراز پروژکتور xmfa> <output xmfa> <mfa SEQ ورودی> <mfa SEQ خروجی> <list of
دنباله ها به عبارتند از، راه افتادن at 0>

backbone_global_to_local <xmfa فایل> <backbone فایل> <output فایل>

bb آنالیز کنید <xmfa فایل> <guide درخت > <backbone seqpos فایل> <backbone گردنه فایل> <annotated
SEQ نمایه > <output فایل>

شاخص توالی مشروح شده از 0 شروع می شود.

ایجاد BackboneMFA فاصله فایل> <output MFA نام>

getAlignmentWindows <XMFA تراز> <window طول> <window تغییر مقدار> <base تولید
نام فایل>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <backbone SEQ فایل> <reference ژنوم> <CDS
ارتولوگ نام فایل> <CDS هم ترازی پایه نام>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <output بدکار فایل> <LCB مختصات فایل>

mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve هم ترازی ورودی> <XMFA خروجی>

mfa2xmfa <MFA هم ترازی ورودی> <XMFA هم ترازی خروجی> [بدون تراز FastA خروجی]

projectAndStrip xmfa> <output xmfa> ...

شناسه های دنباله عددی از 0 شروع می شوند.

randomGeneSample xmfa> <backbone SEQ فایل> <sample ژنوم> <number of ژن>
<output پایه نام> [تصادفی دانه]

هم ترازی امتیاز <correct تراز> <calculated تراز> [تکامل یافت دنباله فایل] [Slagan]

stripGapColumns XMFA> <output XMFA>

stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <output xmfa> [دقیقه LCB اندازه] [دقیقه ژنوم ها]
[به طور تصادفی نمونه فرعی به X kb]

toGrimmFormat <Mauve تراز> <genome 1 CHR طول>... N CHR طول>

به MultiFastA فاصله فایل> <output پایه نام>

toRawSequence دنباله > <output فایل>

منحصر به فرد MerCount <Sorted مر فهرست>

uniquiifyTrees <nexus ورودی فایل> <nexus تولید فایل>

همه درختان موجود در فایل ورودی باید دارای تعداد یکسان و تاکسون یکسان باشند
برچسب ها

xmfa2maf <xmfa ورودی> <maf خروجی>

با استفاده از خدمات onworks.net از mfa2xmfa آنلاین استفاده کنید


Ad


Ad