minimap - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

minimap - نقشه برداری سریع بین توالی های طولانی DNA

خلاصه

مینیمپ [-lSOV] [-k کیلومتر] [-w winSize] [-I اندازه دسته ای] [-d dumpFile] [-f ocThres] [-r
پهنای باند] [-m minShared] [-c minCount] [-L minMatch] [-g maxGap] [-T dustThres] [-t
n رشته ها] [-x از پیش تعیین شده] target.fa query.fa > خروجی.paf

شرح

Minimap ابزاری برای یافتن کارآمد موقعیت های نقشه برداری تقریبی متعدد بین دو است
مجموعه ای از توالی های طولانی، مانند بین ژنوم های خوانده شده و مرجع، بین ژنوم ها و
بین خواندن های طولانی پر سر و صدا Minimap یک مرحله نمایه سازی و نقشه برداری دارد. در نمایه سازی
فاز، تمام مینیمینه کننده های دسته بزرگی از دنباله های هدف را در یک جدول هش جمع آوری می کند. که در
در مرحله نگاشت، خوشه های خوبی از ضربه های مینیمینه ساز خطی را شناسایی می کند. Minimap انجام می دهد
ترازهای دقیق بین هدف و دنباله های پرس و جو ایجاد نمی کند. آن را فقط
مختصات شروع و پایان تقریبی این خوشه ها را خروجی می دهد.

OPTIONS

نمایه سازی گزینه های
-k INT کمینه ساز طول k-mer [15]

-w INT اندازه پنجره کمینه ساز [2/3 طول k-mer]. مینیمینه کننده کوچکترین k-mer است
در پنجره ای از w k-mers متوالی.

-I NUM حداکثر بارگیری کنید NUM برای نمایه سازی [4G]، پایه های RAM را هدف قرار دهید. اگر بیشتر از
NUM پایگاه ها در target.fa، مینی مپ باید خوانده شود query.fa چندین بار برای نقشه برداری آن
در برابر هر دسته از دنباله های هدف. NUM ممکن است به k/K/m/M/g/G ختم شود.

-d فایل شاخص کمینه ساز کمپرسی به فایل [بدون زباله]

-l نشان دهید که target.fa در واقع یک شاخص حداقلی است که توسط گزینه تولید می شود -d، نه
یک فایل FASTA یا FASTQ.

نقشه برداری گزینه های
-f شناور بالا را نادیده بگیرید شناور کسری از مینیینه سازهای رایج [0.001]

-r INT پهنای باند تقریبی برای خوشه‌بندی بازدیدهای حداقلی اولیه [500]. آ به حداقل رساندن
اصابت یک مینیمینه کننده موجود در هر دو دنباله هدف و پرس و جو است. آ به حداقل رساندن
اصابت خوشه گروهی از ضربات کمینه کننده بالقوه خطی بین یک هدف است
و یک دنباله پرس و جو

-m شناور ادغام خوشه های ضربه حداقلی اولیه اگر شناور یا کسر بالاتری از حداقل سازها
بین خوشه ها مشترک هستند [0.5]

-c INT اگر یک خوشه ضربه مینیمینه کننده وجود دارد، حفظ کنید INT یا تعداد بازدیدهای کوچکتر [4]

-L INT اگر پس از خطی‌سازی، تعداد تطبیق‌ها، یک خوشه ضربه مینیمینه‌کننده را دور بریزید
پایه ها در زیر آمده است INT [40]. این گزینه عمدتاً اندازه خروجی را کاهش می دهد. این دارد
تاثیر کمی بر سرعت و حداکثر حافظه دارد.

-g INT یک خوشه ضربه کوچک کننده را در یک شکاف تقسیم کنید INT-bp یا بیشتر که شامل نمی شود
هر مینیمینه‌سازی ضربه می‌زند [10000]

-T INT مناطقی را روی دنباله های پرس و جو با آستانه امتیاز SDUST ماسک کنید INT; 0 برای غیرفعال کردن
[0]. SDUST یک الگوریتم برای شناسایی دنباله های کم پیچیدگی است. این نیست
به طور پیش فرض فعال شده است. اگر SDUST ترجیح داده شود، مقداری بین 20 و 25 است
توصیه شده. آستانه بالاتر توالی های کمتری را پنهان می کند.

-S نقشه برداری همه در مقابل همه را انجام دهید. در این حالت اگر نام دنباله پرس و جو باشد
از نظر واژگانی بزرگتر از نام دنباله هدف، بازدیدهای بین آنهاست
سرکوب خواهد شد؛ اگر نام دنباله پرس و جو با نام هدف یکی باشد،
ضربات حداقلی مورب نیز سرکوب خواهد شد.

-O اگر از ضربه های دیگر دور است، ضربه مینیمینه کننده را رها کنید (تجربی). این
این گزینه برای نقشه برداری کروموزوم های بلند از دو گونه واگرا مفید است.

-x STR تغییر تنظیمات متعدد بر اساس STR [تنظیم نشده]. توصیه می شود اعمال شود
این گزینه قبل از گزینه های دیگر، به طوری که گزینه های زیر ممکن است لغو شوند
تنظیمات متعددی که توسط این گزینه اصلاح شده است.

ava10k برای PacBio یا Oxford Nanopore all-ins-all map read (-Sw5 -L100 -m0).

ورودی خروجی گزینه های
-t INT تعداد رشته ها [3]. Minimap از حداکثر سه رشته هنگام جمع آوری استفاده می کند
مینیمینه سازی در توالی های هدف، و استفاده تا INT1+ رشته ها هنگام نگاشت (the
رشته اضافی برای I/O است که اغلب بیکار است و زمان کمی از CPU را می گیرد.

-V شماره نسخه را در stdout چاپ کنید

OUTPUT FORMAT

Minimap موقعیت های نقشه برداری را در قالب Pairwise mapping Format (PAF) خروجی می دهد. PAF یک TAB- است
قالب متن محدود شده با هر خط شامل حداقل 12 فیلد همانطور که در توضیح داده شده است
جدول زیر:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────
│سرهنگ │ نوع │ توضیحات: │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────
│ 1 │ رشته │ نام دنباله پرس و جو │
│ 2 │ int │ طول دنباله پرس و جو │
│ 3 │ int │ مختصات شروع پرس و جو (بر اساس 0) │
│ 4 │ int │ مختصات پایان پرس و جو (بر اساس 0) │
│ 5 │ char │ `+' اگر پرس و جو و هدف در همان رشته. "-" اگر مخالف │
│ 6 │ رشته │ نام دنباله هدف │
│ 7 │ int │ طول دنباله هدف │
│ 8 │ int │ مختصات شروع هدف در رشته اصلی │
│ 9 │ int │ مختصات پایان هدف در رشته اصلی │
│ 10 │ int │ تعداد پایه های منطبق در نقشه برداری │
│ 11 │ int │ پایه های اعداد، از جمله شکاف ها، در نقشه برداری │
│ 12 │ int │ کیفیت نقشه برداری (0-255 با 255 برای از دست رفته) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ───────────────────

هنگامی که تراز در دسترس است، ستون 11 تعداد کل منطبقات دنباله را نشان می دهد.
عدم تطابق و شکاف در تراز؛ ستون 10 تقسیم بر ستون 11 تراز را نشان می دهد
هویت. از آنجایی که مینیمپ تراز دقیق ایجاد نمی کند، این دو ستون هستند
تقریبی. PAF ممکن است به صورت اختیاری دارای فیلدهای اضافی در مقدار کلید تایپ شده مشابه SAM باشد
قالب Minimap تعداد ضربه های مینیمینه کننده را در یک خوشه در تگ cm می نویسد.

از minimap به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید