این آغازگر دستوری است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
پرایمرها - نسخه ساده primer3 برای انتخاب پرایمرهای PCR
خلاصه
آغازگرها -توالی seqall [-منطقه هدف محدوده] [کوچک کردن عدد صحیح] [-حداکثر اندازه عدد صحیح]
[-maxdifftm شناور] [- توضیح دادن بولی] [-عدد بازگشت عدد صحیح] -outfile مجموعه
آغازگرها -کمک
شرح
آغازگرها یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Nucleic:Primers" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
دنباله ای که از آن پرایمرها انتخاب می شوند. دنباله باید 5' -> 3' ارائه شود
اضافی بخش
-منطقه هدف محدوده
اگر یک یا چند هدف مشخص شده باشد، یک جفت آغازگر قانونی باید حداقل در کنار یکی باشد
از آنها یک هدف ممکن است یک سایت تکرار توالی ساده (به عنوان مثال یک تکرار CA) یا
یک چند شکلی تک پایه. مقدار باید لیستی از فاصله جدا شده باشد
، جفت که در آن شاخص پایه اول یک هدف است و
آخرین مورد است به عنوان مثال 50,51،2 به پرایمرهایی نیاز دارد تا 50 پایه را در موقعیت XNUMX احاطه کنند.
و 51.
کوچک کردن عدد صحیح
حداقل طول قابل قبول پرایمر. باید بزرگتر از 0 و کمتر یا مساوی باشد
به MAX-SIZE. مقدار پیش فرض: 18
-حداکثر اندازه عدد صحیح
حداکثر طول قابل قبول (بر حسب پایه) پرایمر. در حال حاضر این پارامتر نمی تواند باشد
بزرگتر از 35. این حد توسط حداکثر اندازه اولیگو که برای Primer3's تعیین می شود
دمای ذوب معتبر است. مقدار پیش فرض: 27
-maxdifftm شناور
حداکثر اختلاف قابل قبول (بدون علامت) بین دمای ذوب
آغازگرهای جلو و عقب مقدار پیش فرض: 100.0
تولید بخش
- توضیح دادن بولی
اگر این پرچم غیر 0 است، خروجی LEFT-EXPLAIN و RIGHT-EXPLAIN را تولید کنید که عبارتند از
در نظر گرفته شده برای ارائه اطلاعات در مورد تعداد جفت آغازگرهایی که Primer3 مورد بررسی قرار گرفته است،
و آمار در مورد تعداد دور انداخته شده به دلایل مختلف. مقدار پیش فرض: N
-عدد بازگشت عدد صحیح
حداکثر تعداد جفت آغازگر برای بازگشت. جفت پرایمرهای بازگشتی بر اساس مرتب شده اند
"کیفیت" آنها، به عبارت دیگر با مقدار تابع هدف (که کمتر است
عدد نشان دهنده یک جفت پرایمر بهتر است). احتیاط: تنظیم این پارامتر روی بزرگ
مقدار زمان اجرا را افزایش می دهد. مقدار پیش فرض: 5
-outfile مجموعه
با استفاده از خدمات onworks.net از پرایمر به صورت آنلاین استفاده کنید
