این دستور vcf_filter است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
vcf_filter - یک فایل VCF را فیلتر کنید
خلاصه
vcf_filter [-h] [--بدون اتصال کوتاه] [--بدون فیلتر] [--خروجی OUTPUT] [--local-script
LOCAL_SCRIPT] فیلتر ورودی [filter_args] [filter [filter_args]] ...
شرح
این اسکریپت بخشی از PyVCF است.
OPTIONS
موقعیتی استدلال ها:
فایل ورودی برای پردازش (استفاده - برای STDIN) (پیش‌فرض: هیچکدام)
اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان دهید و خارج شوید. (پیش فرض: نادرست)
-- بدون اتصال کوتاه
اگر فیلتری فعال شد، پردازش فیلتر را در سایت متوقف نکنید (پیش‌فرض: نادرست)
-- خروجی OUTPUT
نام فایل برای خروجی [STDOUT] (پیش‌فرض: <_io.TextIOWrapper name=' 'mode='w'
encoding='ANSI_X3.4-1968'>)
-- بدون فیلتر
خروجی فقط سایت هایی که از فیلترها عبور می کنند (پیش فرض: نادرست)
--local-script LOCAL_SCRIPT
فایل پایتون در فهرست کاری فعلی با کلاس‌های فیلتر (پیش‌فرض: هیچکدام)
mgq:
سایت ها را فقط با انواع کم کیفیت فیلتر می کند. امکان داشتن سایت بالا وجود دارد
کیفیت با بسیاری از تماس های با کیفیت پایین. این فیلتر نیاز دارد که حداقل یک تماس بالاتر باشد
یک کیفیت آستانه
- کیفیت ژنوتیپ GENOTYPE_QUALITY
فیلتر کردن سایت‌هایی که ژنوتیپ بالاتر از این کیفیت ندارند (پیش‌فرض: 50)
فقط snp:
فقط انواع SNP را انتخاب کنید
dps:
عمق خواندن آستانه در هر نمونه
- عمق در هر نمونه DEPTH_PER_SAMPLE
حداقل پوشش مورد نیاز در هر نمونه (پیش‌فرض: 5)
avg-dps:
میانگین عمق خواندن آستانه در هر نمونه (read_depth / sample_count)
- میانگین عمق در هر نمونه AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
حداقل پوشش متوسط مورد نیاز برای هر نمونه (پیش‌فرض: 3)
آبخیز:
سایت هایی که شبیه خطاهای توالی همبسته هستند را فیلتر کنید. مقداری توالی
فن‌آوری‌ها، به‌ویژه pyrosequencing، نقاط داغ جهش را در جایی که وجود دارد ایجاد می‌کنند
سطح ثابت نویز، تولید برخی از مراجع و برخی تماس های هتروزیگوت. این
فیلتر یک عامل بیز را برای هر سایت با مقایسه احتمال دو جمله ای محاسبه می کند
از اعماق آللی مشاهده شده در زیر: * مدلی با خطای ثابت برابر با
MAF. * مدلی که در آن هر نمونه پلوئیدی گزارش شده توسط تماس گیرنده است. امتحان
مقدار گزارش فاکتور Bayes است. مقادیر بالاتر بیشتر احتمال دارد که خطا داشته باشند.
توجه: این فیلتر به rpy2 نیاز دارد
--eblr EBLR
سایتهای بالاتر از این نسبت شانس ثبت خطا (پیش‌فرض: -10)
مربع:
سایت های با کیفیت پایین را فیلتر کنید
--کیفیت سایت SITE_QUALITY
سایتهای زیر این کیفیت را فیلتر کنید (پیش‌فرض: 30)
با استفاده از خدمات onworks.net از vcf_filter به صورت آنلاین استفاده کنید
