این دستور velvetg است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
velvetg - ساخت گراف de Bruijn، حذف خطا و تکرار تفکیک
شرح
استفاده: دایرکتوری ./velvetg [گزینه ها]
فهرست راهنما
: نام دایرکتوری کار
استاندارد گزینه ها:
-cov_cutoff
: حذف گره های کم پوشش پس از اتوبوس تور یا اجازه دادن به سیستم برای استنباط آن
(پیش فرض: بدون حذف)
-In_length
: فاصله مورد انتظار بین دو قرائت پایان جفت شده (پیش فرض: بدون جفت خواندن)
-read_trkg
: ردیابی موقعیت های کوتاه خواندن در مونتاژ (پیش فرض: بدون ردیابی)
-min_contig_lgth
: حداقل طول contig صادر شده به فایل contigs.fa (پیش‌فرض: طول هش * 2)
-amos_file
: صادرات اسمبلی به فایل AMOS (پیش‌فرض: بدون صادرات)
-exp_cov
: پوشش مورد انتظار مناطق منحصر به فرد یا اجازه به سیستم برای استنباط آن
(پیش‌فرض: بدون وضوح خواندن طولانی یا جفت شده)
-long_cov_cutoff : حذف گره هایی با پوشش طولانی مدت کم پس از تور
اتوبوس
(پیش فرض: بدون حذف)
بیشتر گزینه ها:
-In_length*
: فاصله مورد انتظار بین دو قرائت با انتهای جفتی در خواندن کوتاه مربوطه
مجموعه داده (پیش فرض: بدون جفت خواندن)
-طول_طول
: فاصله مورد انتظار بین دو قرائت طولانی جفت شده (پیش فرض: بدون جفت خواندن)
-In_length*_SD
: تخمین انحراف استاندارد مجموعه داده مربوطه (پیش‌فرض: 10 درصد مربوطه
طول)
[در صورت لزوم «*» را با هیچ، «2» یا «_long» جایگزین کنید]
-داربست
: داربست از contigs از اطلاعات انتهای جفت استفاده می کند (پیش فرض: روشن)
-حداکثر طول_شاخه
: حداکثر طول در جفت پایه حباب (پیش‌فرض: 100)
-max_divergence : حداکثر نرخ واگرایی بین دو شاخه در یک حباب
(به طور پیش فرض: 0.2)
-max_gap_count
: حداکثر تعداد شکاف های مجاز در تراز دو شاخه یک حباب
(به طور پیش فرض: 3)
-min_pair_count
: حداقل تعداد اتصالات انتهایی جفت برای توجیه داربست دو بلند
contigs (پیش فرض: 5)
-حداکثر_پوشش
: حذف گره های با پوشش بالا بعد از اتوبوس تور (پیش فرض: بدون حذف)
-coverage_mask
: حداقل پوشش مورد نیاز برای مناطق مطمئن contigs (پیش‌فرض: 1)
-long_mult_cutoff
: حداقل تعداد خواندن طولانی مورد نیاز برای ادغام contigs (پیش فرض: 2)
-unused_reads
: خواندن های استفاده نشده را در فایل UnusedReads.fa صادر کنید (پیش فرض: خیر)
- ترازها
: صدور خلاصه ای از هم ترازی پیوستگی به دنباله های مرجع (پیش فرض: خیر)
-exportFiltered
: صادرات گره های طولانی که توسط فیلترهای پوشش حذف شده اند (پیش فرض: خیر)
-تمیز
: حذف تمام فایل های واسطه ای که برای محاسبه مجدد بی فایده هستند (پیش فرض:
نه)
-خیلی تمیز
: حذف تمام فایل های واسطه (بدون امکان محاسبه مجدد) (پیش فرض: خیر)
-paired_exp_fraction
: تمام اتصالات انتهایی جفت شده را که کمتر از کسر مشخص شده هستند حذف کنید
تعداد مورد انتظار (پیش‌فرض: 0.1)
-shortMatePaired*
: برای کتابخانه های mate-pair، نشان دهید که کتابخانه ممکن است آلوده باشد
قرائت های جفت شده (خیر پیش فرض)
-conserveLong
: حفظ دنباله ها با خواندن طولانی در آنها (خبر پیش فرض)
خروجی:
directory/contigs.fa
: فایل fasta از contigs بیشتر از دو برابر طول هش
directory/stats.txt
: فایل stats (با فاصله زبانه) برای تعیین برش پوشش مناسب مفید است
دایرکتوری/LastGraph
: فایل فرمت شده ویژه با تمامی اطلاعات نمودار نهایی
directory/velvet_asm.afg
: (در صورت درخواست) فایل اسمبلی سازگار با AMOS
از velvetg به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
