CNVision برای اجرا در لینوکس دانلود آنلاین برای لینوکس

این برنامه لینوکس به نام CNVision برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام CNVision.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

CNVision برای اجرای آنلاین در لینوکس

شرح

CNVision یک اسکریپت Perl است که داده های ژنوتیپ Illumina (همه تراشه ها از 300k تا آخرین Omni) را از طریق PennCNV، QuantiSNPv2.3 و GNOSIS (یک الگوریتم داخلی) اجرا می کند. نتایج را ادغام می کند و کیفیت داده های خام را ارزیابی می کند. CNVision همچنین می‌تواند CNV‌های de novo را در داده‌های مبتنی بر خانواده با استفاده از یک الگوریتم بسیار دقیق شناسایی کند که امکان CNVs را در هر یک از والدین بر اساس داده‌های ژنوتیپ خام در نظر می‌گیرد.

اسکریپت برای کار در یک محیط مبتنی بر یونیکس بهینه شده است. باید در ویندوز کار کند، با این حال اجرای مولفه PennCNV با نسخه های جدیدتر PennCNV خطا می دهد.

CNVision برای تجزیه و تحلیل داده‌های مجموعه Simons Simplex (SSC) داده‌های اوتیسم نوشته شد. شرح کامل روش ها در مقاله زیر آورده شده است که می تواند برای ارجاع به CNVision استفاده شود:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21658581

مخاطبان

علم/تحقیق

رابط کاربری

کنسول / ترمینال

زبان برنامه نویسی

پرل

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/cnvision/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.