این برنامه لینوکس به نام iCAS - یک سیستم جمع آوری کلون Illumina برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام icas_v062.tar.bz2 دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه را با نام iCAS - An Illumina Clone Assembly به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا در لینوکس بصورت آنلاین با OnWorks به صورت رایگان اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
iCAS - یک سیستم مونتاژ کلون Illumina برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین
Ad
شرح
توالی‌یابی کلون به کلون، به‌عنوان وسیله‌ای برای دستیابی به مجموعه‌های با کیفیت بالا برای ژنوم‌های بزرگ و پیچیده، همچنان در عصر توالی‌یابی با توان عملیاتی بالا، اهمیت زیادی دارد. با این حال، مجموعه‌های به‌دست‌آمده با استفاده از مونتاژکننده‌های کل ژنوم فعلی اغلب تکه‌تکه هستند و گاهی اوقات به دلیل ویژگی‌های داده‌های مختلف معرفی‌شده توسط توالی‌یابی چندگانه، مشکلاتی در مورد کامل بودن ژنوم دارند.با iCAS، فرآیند فیلتر کردن داده ها بر اساس یک الگوریتم فرکانس کیلومتر جدید است که منجر به خواندن تقریباً کامل قبل از مونتاژ می شود. Contig ها با استفاده از الگوریتم های مونتاژ مختلف تولید می شوند و سپس برای دستیابی به تداوم طولانی تر با هم ادغام می شوند. هم‌تراز کردن مجدد همه خوانده‌ها با پیش‌نویس‌های پیش‌نویس و کالیبره‌سازی مجدد هر پایه توالی، به اجماع نهایی دست می‌یابد. با استفاده از کلون های نهایی برای QC، خط لوله می تواند مجموعه هایی با پوشش کلون 99.7٪ و کیفیت پایه توافقی Q39 به دست آورد.
توسعه یافته در موسسه Wellcome Trust Sanger.
مخاطبان
علم/تحقیق
زبان برنامه نویسی
پرل، سی
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/icas/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
