این برنامه لینوکس با نام MANTI.pl / muda.pl برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان muda.pl-v3.6.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام MANTI.pl / muda.pl را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا به صورت آنلاین با OnWorks در لینوکس اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
MANTI.pl / muda.pl برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین
شرح
-------- توجه شروع: تغییر نامmuda.pl با نسخه 3.7 به MANTI.pl تغییر نام داد، توسعه پروژه در صفحه پروژه MANTI قابل پیگیری است. Sourceforge.net. نسخه های قدیمی برای اهداف آرشیوی در اینجا باقی می مانند.
-------- پایان توجه
muda.pl یک اسکریپت ارزیابی (نوشته شده در پرل) بدون وابستگی زیاد است.
این اطلاعات را از 4 فایل خروجی مختلف MaxQuant در یک فایل اصلی که به طور صریح برای آنالیزهای نئو پایانه پروتئین مناسب است، جمع می کند. لنگر مرکزی برای تجمع داده ها فایل modificationSpecificPeptides.txt است - داده های اضافی از فایل های منبع مختلف دیگر از پوشه MaxQuant txt استنباط می شود، اما نقطه شروع برای مجموعه داده ها فقط فایل modificationSpecificPeptides.txt است. شاید برای اهداف پروتئومیکس معمولی نیز مفید باشد، اما این اسکریپت به شدت برای شناسایی و اعتبار سنجی نئو انتهایی پروتئین بهینه شده است.
برای توضیح کامل تر در مورد پارامترهای اسکریپت و استراتژی ارزیابی، لطفاً به PDF راهنمای گسترده مراجعه کنید.
امکانات
- ارزیابی داده های MaxQuant
- شناسایی و اعتبار سنجی پروتئین پایانه
- حاشیه نویسی و مونتاژ داده UniProt
- نقشه برداری مجدد از پایانه های شناسایی شده به ایزوفرم ها
- ادغام Limma، LOCALIZER و TopFINDer
- به خوبی مستند
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
پرل
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/muda/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
