این برنامه لینوکس به نام miRDP2 برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان miRDP2-v1.1.4.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام miRDP2 را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا بصورت آنلاین و رایگان در لینوکس با OnWorks اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
miRDP2 برای اجرای آنلاین در لینوکس
Ad
شرح
miRDeep-P2 (miRDP2) برای تجزیه و تحلیل دقیق و سریع رونوشت microRNA ها (miRNAs) در گیاهان توسعه یافته است. این از miRDeep-P (miRDP) با استراتژی های جدید و الگوریتم بازنگری شده اتخاذ شده است. ما miRDP2 را برای تجزیه و تحلیل رونوشت‌های miRNA در گیاهانی با افزایش تدریجی اندازه ژنوم مانند آرابیدوپسیس، برنج، گوجه‌فرنگی، ذرت و گندم آزمایش کرده‌ایم. در مقایسه با miRDeep-P و چندین ابزار محاسباتی دیگر، miRDP2 داده‌های NGS را با سرعتی عالی پردازش کرد. با ترکیب معیارهای حاشیه نویسی miRNA گیاهی به‌روزرسانی شده، دقت miRDP2 نیز به طور قابل توجهی بهبود می‌یابد. نتایج ما miRDP2 را به عنوان ابزاری سریع و دقیق برای تجزیه و تحلیل رونوشت miRNA در گیاهان نشان می‌دهد.مرجع: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
امکانات
- RNA کوچک
- microRNA(miRNA)
- توالی نسل بعدی (NGS)
- پرل
مخاطبان
علم/تحقیق
زبان برنامه نویسی
پرل
محیط پایگاه داده
پرل DBI/DBD
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/mirdp2/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
