این برنامه لینوکس به نام SuRankCo برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان surankco_r5.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه به نام SuRankCo را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا به صورت رایگان در لینوکس با OnWorks اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
SuRankCo به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود
Ad
شرح
SuRankCo یک نرم‌افزار مبتنی بر یادگیری ماشینی برای امتیازدهی و رتبه‌بندی کانتیگ‌ها از مجموعه‌های نوین داده‌های توالی‌یابی نسل بعدی است. این برنامه با هم‌ترازی کانتیگ‌ها با ژنوم‌های مرجع شناخته‌شده تمرین می‌کند و امتیازات و رتبه‌بندی را برای گروه‌هایی که هنوز ژنوم مرجع مرتبطی ندارند، پیش‌بینی می‌کند.برای جزئیات بیشتر در مورد SuRankCo و عملکرد آن، لطفاً ببینید
"SuRankCo: نظارت بر رتبه بندی Contigs در مجامع جدید"
ماتیاس کوهرینگ، پیوتر ووتک دابروفسکی، آندریاس نیچه و برنهارد ی. رنارد
(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/240/abstract)
لطفاً توجه داشته باشید، توصیه می شود قبل از استفاده از SuRankCo، مقاله و فایل readme.txt را مطالعه کنید.
به روز رسانی ژوئن 2015:
* تغییرات جزئی برای فعال کردن پشتیبانی BAM.
به روز رسانی فوریه 2014:
* اضافه شدن پشتیبانی از مجموعه های FASTA/SAM علاوه بر ACE/FASTQ (QUAL).
توجه: ویژگی‌های مجموعه‌های FASTA/SAM هنوز شامل BaseCount، BaseSeqmentCount و ContigQualities نیستند.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
جاوا، S/R
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/surankco/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از طریق یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
