این برنامه ویندوز با نام kSNP است که آخرین نسخه آن را می توان با نام kSNP4.1-source-code.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام kSNP را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
kSNP
Ad
شرح
kSNP4 SNP های پان ژنوم را در مجموعه ای از توالی های ژنومی شناسایی می کند و درختان فیلوژنتیک را بر اساس آن SNP ها تخمین می زند. کشف SNP بر اساس تجزیه و تحلیل k-mer است و نیازی به هم‌ترازی توالی چندگانه یا انتخاب ژنوم مرجع ندارد، بنابراین kSNP4 می‌تواند 100 ژنوم میکروبی را به عنوان ورودی دریافت کند. یک مکان SNP توسط یک الیگو به طول k که یک آلل مرکزی SNP را احاطه کرده است، تعریف می شود. kSNP4 می‌تواند هم ژنوم‌های کامل (تمام) و هم ژنوم‌های ناتمام را در کانتیگ‌های مونتاژ شده یا خواندن‌های خام و نامنظم تجزیه و تحلیل کند. ژنوم‌های تمام‌شده و ناتمام را می‌توان با هم تجزیه و تحلیل کرد، و kSNP می‌تواند به‌طور خودکار فایل‌های Genbank ژنوم‌های تمام‌شده را دانلود کند و اطلاعات آن فایل‌ها را در حاشیه‌نویسی SNP بگنجاند.
برای استفاده از kSNP4 به هیچ مهارت برنامه نویسی نیاز نیست
گاردنر، SN و هال، BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
گاردنر، SN، T. Slezak، و BG Hall. 2015 بیوانفورماتیک 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/ksnp/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
