Il s'agit de la commande aevol_propagate qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
aevol - une plateforme d'évolution expérimentale in silico
SYNOPSIS
aevol_propagate -h or --Aidez-moi
aevol_propagate -V or --version
aevol_propagate [-v] [-g GÉNÉRAL] [-i INDIR] [-o EXTÉRIEUR] [-S GENERALSEED]
aevol_propagate [-v] [-g GÉNÉRAL] [-i INDIR] [-o EXTÉRIEUR] [-s SELSEED] [-m MUTSEED] [-t
STOCHSEE] [-e ENVVARSEED] [-n ENVNOISESEED]
DESCRIPTION
Évol est une plateforme de simulation qui permet de laisser des populations d'organismes numériques
évoluent dans différentes conditions et étudient expérimentalement les mécanismes responsables de la
structuration du génome et du transcriptome.
aevol_propagate
crée une nouvelle copie de l'expérience telle qu'elle était à la génération donnée. Le
Le numéro de génération de la copie sera réinitialisé à 0. Si vous utilisez aevol_propagate
pour initialiser plusieurs simulations à plusieurs reprises, vous devez spécifier une graine différente
pour chaque simulation, sinon toutes les simulations donneront exactement les mêmes résultats.
Vous pouvez utiliser l'option -S pour ce faire. Dans ce cas, les tirages aléatoires seront
différent pour tous les processus aléatoires activés dans vos simulations (mutations,
expression stochastique des gènes, sélection, migration, variation environnementale,
bruit ambiant). Alternativement, pour modifier les tirages aléatoires pour des
processus aléatoires uniquement, n'utilisez pas -S mais les options -m, -s, -t, -e, -n (voir
ci-dessous).
OPTIONS
-h, --Aidez-moi
imprimer l'aide, puis quitter
-V, --version
imprimer le numéro de version, puis quitter
-dans, --verbeux
être verbeux
-g, --générateur GÉNÉRAL
spécifier le numéro de génération (par défaut : celui contenu dans le fichier last_gener.txt, le cas échéant)
-je, --dans INDIR
spécifier le répertoire d'entrée (par défaut « . »)
-o, --dehors EXTÉRIEUR
spécifier le répertoire de sortie (par défaut « ./output »)
-S, --semence-générale GENERALSEED
spécifiez un entier à utiliser comme graine pour les nombres aléatoires. Si vous utilisez
aevol_propagate à plusieurs reprises pour initialiser plusieurs simulations, vous devez spécifier un
une graine différente pour chaque simulation, sinon toutes les simulations donneront
exactement les mêmes résultats. Si vous spécifiez cette graine générale, des tirages aléatoires seront effectués.
différent pour tous les processus aléatoires activés dans vos simulations (mutations,
expression stochastique des gènes, sélection, migration, variation environnementale,
bruit ambiant). Pour modifier les tirages aléatoires pour un processus aléatoire spécifique
seulement, n'utilisez pas -S mais les options ci-dessous.
-Oui, --sel-seed SELSEED
spécifier un entier comme graine pour les nombres aléatoires nécessaires à la sélection et à la migration
(si la structure spatiale est activée).
-m, --mut-graine MUTSEED
spécifier un entier comme graine pour les nombres aléatoires nécessaires aux mutations.
-t, --graine-stoch STOCHSEE
spécifier un entier comme graine pour les nombres aléatoires nécessaires au gène stochastique
expression.
-e, --env-var-seed ENVVARSEED
spécifier un entier comme graine pour les nombres aléatoires nécessaires à la variation environnementale.
-n, --env-noise-seed ENVNOISESEED
spécifiez un entier comme graine pour les nombres aléatoires nécessaires au bruit environnemental.
Utilisez aevol_propagate en ligne à l'aide des services onworks.net
