Il s'agit de la commande altree-convertp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
altree-convert - Titre...
SYNOPSIS
altree-convertir [options]
Options:
--version version du programme
--short-help|h bref message d'aide
--help message d'aide avec les descriptions des options
--man documentation complète
--first-input-file|i fichier d'entrée 1
--second-input-file|j fichier d'entrée 2 (pas obligatoire)
--output-file|o fichier de sortie
--case-control-output|c sortie contenant le nb cas/contrôles
--data-type|t ADN|NUM
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r PHASE|FAMHAP
--data-quali|q Type de données : qualitatives ou quantitatives
--nbind-threshold|s Nombre minimum d'individus acquis pour conserver un haplotype
OPTIONS
--version
Imprimez la version du programme et quittez.
--short-help
Imprimez un bref message d'aide et quittez.
--Aidez-moi Imprimez un message d'aide avec des descriptions d'options et des sorties.
--homme Imprime la page de manuel et quitte.
--premier-fichier-d'entrée|i
Fichier d'entrée 1 (sortie du programme de reconstruction d'haplotype)
--second-fichier-d'entrée|j
Fichier d'entrée 2 (deuxième sortie du famhap ou fichier contenant l'état de la maladie)
--fichier-de-sortie|o
Fichier de sortie
--case-control-output|c
Fichier de sortie contenant le nombre de cas et de contrôles portant chaque haplotype
--type-de-données|t "ADN"|"SNP"
Type de données : ADN (ATGCU) ou SNP (0-1)
--phylo-prog|p "Philippe"|"paup"
Programme de reconstruction de la phylogénie
reconstruire-prog|r "famhap|phase"
Programme de reconstruction d'haplotypes
données-quali|q "qualitatif|quantitatif"
Type de données analysées
nseuil-de-liaison|s
Nombre minimal d'individus porteurs d'un haplotype requis pour le conserver
analyse plus approfondie. Si vous souhaitez conserver tous les haplotypes, vous devez affecter 0 à cela
variable
DESCRIPTION
Ce Danse lira le(s) fichier(s) d'entrée donné(s) et générera un fichier d'entrée pour le(s)
logiciel de reconstruction phylogénétique paup ou phylip/paml
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