aragorn - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

aragorn - détecte les gènes d'ARNt dans les séquences nucléotidiques

SYNOPSIS

Aragorn [OPTION] ... DOSSIER

OPTIONS

-m
Rechercher des gènes d'ARNt.

-t
Rechercher des gènes d'ARNt. Par défaut, tous sont détectés. Si l'un des -m or -t est spécifié,
alors l'autre n'est pas détecté à moins que cela ne soit également spécifié.

-mt
Recherche de gènes d'ARNt mitochondrial métazoaire. Gènes d'ARNt avec des introns non détectés.
-i, -sr commutateurs ignorés. Code génétique mitochondrial composite métazoaire utilisé.

-mtmaman
Recherche de gènes d'ARNt mitochondrial de mammifères. -i, -sr commutateurs ignorés. -la télé interrupteur
ensemble. Code génétique mitochondrial de mammifère utilisé.

-mtx
Pareil que -mt mais les gènes d'ARNt à faible score ne sont pas signalés.

-mtd
Des gènes d'ARNt mitochondrial de métazoaire se chevauchant sur des brins opposés sont rapportés.

-gc[num]
Utilisez la GenBank transl_table = [num] code génétique. Des modifications individuelles peuvent être
ajouté à l'aide , BBB= B = A, C, G ou T. est le code à trois lettres pour un
acide aminé. Plusieurs modifications peuvent être spécifiées. par exemple -gcvert,aga=Trp,agg=Trp
utilise le code Mitochondrial Vertébré et les codons AGA et AGG changés en
Tryptophane.

-gcstd
Utilisez le code génétique standard.

-gcmet
Utilisez le code génétique mitochondrial composite des métazoaires.

-gcvert
Utiliser le code génétique mitochondrial des vertébrés.

-gcinvert
Utiliser le code génétique mitochondrial des invertébrés.

-gcyeast
Utilisez le code génétique mitochondrial de levure.

-gcprot
Utilisez le code génétique mitochondrial des moisissures/protozoaires/coelentérés.

-gciliate
Utilisez le code génétique Ciliate.

-gcver plat
Utiliser le code génétique mitochondrial des échinodermes/vers plats

-gceuplot
Utilisez le code génétique euplotide.

-gcbact
Utilisez le code génétique bactérien/végétal du chloroplaste.

-gcaltyest
Utilisez un code génétique de levure alternatif.

-gcascid
Utilisez le code génétique mitochondrial ascidien.

-gcaltflat
Utilisez un code génétique mitochondrial alternatif du ver plat.

-gcblep
Utilisez le code génétique Blepharisma.

-gcchloroph
Utilisez le code génétique mitochondrial chlorophycéen.

-gctrem
Utilisez le code génétique mitochondrial des trématodes.

-gcscen
Utilisez Scenedesmus obliquus Code génétique mitochondrial.

-gcthraust
Utilisez le code génétique mitochondrial Thraustochytrium.

-la télé
Ne recherchez pas les gènes d'ARNt de la boucle de remplacement de la TV mitochondriale. Uniquement pertinent si -mt
utilisé.

-c7
Recherchez des gènes d'ARNt avec des boucles C de 7 bases uniquement.

-i
Recherchez des gènes d'ARNt avec des introns dans une boucle d'anticodon avec une longueur maximale de 3000 bases.
La longueur minimale de l'intron est de 0 base. Ignoré si -m est spécifié.

-i[max]
Recherche de gènes d'ARNt avec des introns dans une boucle d'anticodon avec une longueur maximale [max] socles.
La longueur minimale de l'intron est de 0 base. Ignoré si -m est spécifié.

-i[m.], [max]
Recherche de gènes d'ARNt avec des introns dans une boucle d'anticodon avec une longueur maximale [max] socles,
et longueur minimale [m.] bases. Ignoré si -m est spécifié.

-io
Pareil que -i, mais permettent aux gènes d'ARNt avec de longs introns de chevaucher des gènes d'ARNt plus courts.

-si
Pareil que -i, mais fixez l'intron entre les positions 37 et 38 sur la boucle C (une base après
anticodon).

-ifo
Pareil que -si et -io combiné.

-ir
Pareil que -i, mais signalent des gènes d'ARNt avec une longueur minimale [m.] bases plutôt que rechercher
pour les gènes d'ARNt avec une longueur minimale [m.] bases. Avec ce commutateur, [m.] agit comme un
filtre de sortie, la longueur minimale de l'intron pour la recherche est toujours de 0 base.

-c
Supposons que chaque séquence a une topologie circulaire. La recherche s'enroule autour de chaque extrémité.
Paramètres par défaut.

-l
Supposons que chaque séquence a une topologie linéaire. La recherche ne se termine pas.

-d
Double. Recherchez les deux brins de chaque séquence. Paramètres par défaut.

-s or -s+
Seul. Ne recherchez pas le brin complémentaire (antisens) de chaque séquence.

-sc or -s-
Unique complémentaire. Ne recherchez pas le brin sens de chaque séquence.

-ps
Abaisser les seuils de notation à 95 % des niveaux par défaut.

-ps[num]
Remplacez les seuils de notation par [num] pour cent des niveaux par défaut.

-rp
Signalez les pseudogènes possibles (score < 100 ou boucle d'anticodon ARNt <> 7 bases de long). Noter
que les gènes avec un score < 100 ne seront pas détectés ou signalés si les seuils de score sont
pas également changé en dessous de 100 % (voir le commutateur -ps).

-séq
Imprimez la séquence primaire.

-br
Montrez la structure secondaire de la séquence primaire du gène de l'ARNt à l'aide de crochets.

-fasta
Imprimez la séquence primaire au format fasta.

-fo
Imprimer la séquence primaire au format fasta uniquement (pas de structure secondaire).

-Sèche-cheveux
Pareil que -fo, avec la séquence et la numérotation des gènes dans l'en-tête.

-fos
Pareil que -fo, sans espace dans l'en-tête.

-fons
Pareil que -fo, avec numérotation des séquences et des gènes, mais pas d'espaces.

-w
Imprimez en mode batch.

-ss
Utilisez le plus strict canonique 1-2 pb spacer1 et 1 pb spacer2. Ignoré si -mt défini.
La valeur par défaut est d'autoriser 3 pb spacer1 et 0-2 pb spacer2, ce qui peut dégrader la sélectivité.

-v
Verbeux. Imprime les informations pendant la recherche dans STDERR.

-a
Imprimez le domaine d'ARNt pour les gènes d'ARNt.

.A7
Restreindre la longueur de la tige d'ARNt à un maximum de 7 bases

-aa
Afficher un message si les espèces iso-accepteuses prédites ne correspondent pas aux espèces dans la séquence
nom (si présent).

-j
Afficher la séquence de 4 bases à l'extrémité 3' de la tige indépendamment de l'accepteur d'amino-acyle prédit
longueur.

-jr
Permettre une certaine divergence de la séquence accepteur amino-acyle 3' de NCCA.

-jr4
Autoriser une certaine divergence de la séquence accepteur amino-acyle 3' du NCCA et afficher 4
socles.

-q
Ne pas imprimer la ligne de configuration (quels commutateurs et fichiers ont été utilisés).

-rn
Répétez le nom de la séquence avant les informations récapitulatives.

-O [fichier de sortie]
Imprimer la sortie vers . If ['outfile] existe déjà, il est écrasé. Par défaut tout
la sortie va à stdout.

DESCRIPTION

aragorn détecte les gènes d'ARNt, d'ARNm et d'ARNt. Une exigence minimale est d'au moins un 32 bits
architecture du compilateur (les types de variables int et unsigned int font au moins 4 octets).

[DOSSIER] est supposé contenir une ou plusieurs séquences au format FASTA. Résultats de la recherche
sont imprimés sur STDOUT. Tous les commutateurs sont facultatifs et ne respectent pas la casse. À moins que -i ne soit
spécifié, les gènes d'ARNt contenant des introns ne sont pas détectés.

AUTEURS

Bjorn Canback[email protected]>, Dean Laslett[email protected]>

Références

Laslett, D. et Canback, B. (2004) ARAGORN, un programme pour la détection d'ARN de transfert
et les gènes d'ARN messager de transfert dans les séquences nucléotidiques Nucleic Acids Research, 32;11-16

Laslett, D. et Canback, B. (2008) ARWEN : un programme pour détecter les gènes d'ARNt chez les métazoaires
séquences nucléotidiques mitochondriales Bioinformatique, 24(2) ; 172-175.

02/24/2013 ARAGORNE(1)

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