Il s'agit de la commande asn2ff qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
asn2ff - convertir les données biologiques ASN.1 en un format plat (ancienne version)
SYNOPSIS
asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a nom de fichier] [-b] [-d] [-e]
[-f b/p/e/s/x/z] [-g] [-h F] [-k F] [-l nom de fichier] [-m r/d/s/c/k/l/e/p] [-n F]
[-o nom de fichier] [-p F] [-q] [-r nom de fichier] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]
DESCRIPTION
asn2ff convertit les descriptions de séquences biologiques du format ASN.1 de NCBI en l'un des
plusieurs formats de fichiers plats. Ce programme est construit autour d'une interface obsolète ; s'il te plaît
utilisé asn2gb(1) à la place.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-A X Afficher la région à partir de X (la valeur par défaut est 0)
-B X Afficher la région se terminant par X (la valeur par défaut est la dernière position)
-C Afficher les commentaires de Bankit
-G La sortie est un bioseq supérieur uniquement dans la vue du génome
-L F Utiliser l'ancien format de ligne LOCUS (pré-Genbank 127.0)
-M La sortie est uniquement une carte bioseq
-R Pour la version GenBank
-V F Ne pas utiliser VERSION
-a nom de fichier
Nom de fichier pour l'entrée ASN.1 (la valeur par défaut est stdin)
-b Entrée asnfile en mode binaire
-d Utiliser l'indexation SeqMgr
-e L'entrée est une entrée Seq
-f b/p/e/s/x/z
Format de sortie:
b GenBank (par défaut)
p GenPept
L'EMBL
s PseudoEMBL
x GenBankSelect
z EMBLÈME
-g Afficher les numéros gi
-h F Masquer la séquence
-k F N'utilisez pas d'ensembles complexes (phy-set,mut-set, pop-set)
-l nom de fichier
Enregistrer les erreurs dans nom de fichier
-m r/d/s/c/k/l/e/p
Mode de sortie:
r version (par défaut)
dépotoir
Paillette
cChromoscope
k dir-sous-débogage
l dir-sous
e réviser
p rapport partiel
-n F Gene_binding strict
-o nom de fichier
Nom du fichier de sortie (la valeur par défaut est stdout)
-p F Omettre les nouvelles caractéristiques génétiques
-q La sortie est un seul bioseq supérieur
-r nom de fichier
Fichier journal des erreurs de sortie (la valeur par défaut est stderr)
-s L'entrée est une soumission Seq
-t Afficher le texte du message détaillé
-v F Supprimer les messages d'erreur
-w Utiliser le format de sortie HTML
-y Imprimer le format d'aide uniquement
-z Nouvel algorithme pour les organisations
Utilisez asn2ff en ligne en utilisant les services onworks.net
