bowtie2-align-s - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

bowtie2-align-s - outil backend ultrarapide et économe en mémoire pour aligner le séquençage
lit sur de longues séquences de référence

DESCRIPTION

Bowtie 2 version 2.2.6 par Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)

UTILISATION

nœud papillon2-aligner [options]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Indexer le préfixe du nom de fichier (moins le .X.bt2) de fin. REMARQUE : index Bowtie 1 et Bowtie 2
ne sont pas compatibles.

Fichiers avec les partenaires #1, associés à des fichiers dans .

Fichiers avec les partenaires #2, associés à des fichiers dans .

Fichiers avec des lectures non appariées.

Fichier pour la sortie SAM (par défaut : stdout)

, , peuvent être des listes séparées par des virgules (pas d'espace) et peuvent être spécifiés
à plusieurs reprises. Par exemple '-U fichier1.fq,fichier2.fq -U fichier3.fq'.

OPTIONS (par défaut in parenthèses)

Contribution:
-q les fichiers d'entrée de requête sont FASTQ .fq/.fastq (par défaut)

--qseq les fichiers d'entrée de requête sont au format qseq d'Illumina

-f les fichiers d'entrée de requête sont (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r les fichiers d'entrée de requête sont bruts, une séquence par ligne

-c , , sont des séquences elles-mêmes, pas des fichiers

-s/--sauter
sauter le premier lectures/paires dans l'entrée (aucun)

-u/--Jusqu'à
arrêter après le premier lectures/paires (pas de limite)

-5/--trim5
garniture bases à partir de 5'/extrémité gauche des lectures (0)

-3/--trim3
garniture bases à partir de 3'/extrémité droite des lectures (0)

--phred33
les qualités sont Phred+33 (par défaut)

--phred64
les qualités sont Phred+64

--int-quals
qualités codées sous forme d'entiers délimités par des espaces

Présélections:
Pareil que:

Pour --de bout en bout:

--très vite -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--vite -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--sensible -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (par défaut)

--très sensible -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Pour --locale:

--très-rapide-local -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S, 1,2.00

--rapide-local -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.75

--sensible-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (par défaut)

--très-sensible-local -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Alignement:
-N
max # discordances dans l'alignement des graines ; peut être 0 ou 1 (0)

-L
longueur des sous-chaînes de départ ; doit être >3, <32 (22)

-i
intervalle entre les sous-chaînes de départ w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-plafond
func pour max # non-A/C/G/Ts autorisés dans aln (L,0,0.15)

--Croix directionnelle
comprendre caractères de référence supplémentaires sur les côtés de la table DP (15)

--gbar
interdire les lacunes dans nucs des extrêmes de lecture (4)

--ignore-quals
traiter toutes les valeurs de qualité comme 30 sur l'échelle Phred (désactivé)

--nouveau ne pas aligner la version précédente (originale) de la lecture (désactivée)

--norc ne pas aligner la version à complément inversé de read (off)

--pas de 1 mm à l'avance
ne pas autoriser 1 alignement de non-concordance avant d'essayer de rechercher l'amorçage optimal
alignements

--de bout en bout
la lecture entière doit s'aligner ; pas d'écrêtage (activé)

OR

--locale
alignement local; les extrémités peuvent être légèrement coupées (off)

Notation:
--maman
bonus de match (0 pour --de bout en bout, 2 pour --locale)

--mp
pénalité maximale pour non-concordance ; qualité inférieure = pénalité inférieure (6)

--np
pénalité pour les non-A/C/G/T dans read/ref (1)

--rdg ,
lire l'écart ouvert, étendre les pénalités (5,3)

--rfg ,
écart de référence ouvert, étendre les pénalités (5,3)

--score-min score d'alignement minimum acceptable avec la longueur de lecture
(G,20,8 pour local, L,-0.6,-0.6 pour de bout en bout)

Reporting:
(Par défaut)
rechercher des alignements multiples, rapporter le mieux, avec MAPQ

OR

-k
rapporter jusqu'à alns par lecture ; MAPQ non significatif

OR

-a/--tous
signaler tous les alignements ; très lent, MAPQ non significatif

Effort:
-D
renoncer à prolonger après échoué s'étend d'affilée (15)

-R
pour les lectures avec des graines répétitives, essayez ensembles de graines (2)

Extrémité appariée :

-I/--minins
longueur minimale de fragment (0)

-X/--maxins
longueur maximale des fragments (500)

--fr//-rf/--ff -1, -2 les compagnons alignent fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--pas de mélange
supprimer les alignements non appariés pour les lectures appariées

--non-discordant
supprimer les alignements discordants pour les lectures appariées

--pas de queue d'aronde
pas concordant lorsque les partenaires s'étendent l'un au dessus de l'autre

--no-contain
non concordant lorsqu'un alignement de contrainte en contient d'autres

--pas de chevauchement
pas concordant lorsque les partenaires se chevauchent du tout

Sortie :
-t/--temps
imprimer le temps de l'horloge murale pris par les phases de recherche

--silencieux
n'imprime rien sur stderr sauf des erreurs graves

--met-fichier
envoyer les métriques au fichier à (désactivé)

--met-stderr
envoyer les métriques à stderr (désactivé)

--rencontré
signaler les compteurs et les métriques internes chaque secondes (1)

--non-unal
supprimer les enregistrements SAM pour les lectures non alignées

--pas de tête
supprimer les lignes d'en-tête, c'est-à-dire les lignes commençant par @

--pas de carré
supprimer les lignes d'en-tête @SQ

--rg-id
définir l'identifiant du groupe de lecture, reflété dans la ligne @RG et RG:Z: champ opt

--rg
ajouter ("lab:value") à la ligne @RG de l'en-tête SAM. Remarque : ligne @RG uniquement imprimée
quand --rg-id est réglé.

--omettre-sec-seq
mettre '*' dans les champs SEQ et QUAL pour les alignements secondaires.

Performance :
-p/--fils nombre de threads d'alignement à lancer (1)

--réorganiser
forcer l'ordre de sortie SAM à correspondre à l'ordre des lectures d'entrée

- mm utiliser les E/S mappées en mémoire pour l'index ; de nombreux nœuds papillon peuvent partager

Autres:
--qc-filtre
filtrer les lectures qui sont mauvaises selon le filtre QSEQ

--la graine
graine pour le générateur de nombres aléatoires (0)

--non déterministe graine rand. gén. arbitrairement au lieu d'utiliser des attributs de lecture

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

-h/--aider
imprimer ce message d'utilisation

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