Il s'agit de la commande bp_hmmer_to_tablep qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_hmmer_to_table - transforme la sortie HMMER en format tabulaire
SYNOPSIS
bp_hmmer_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] fichier d'entrée1 fichier d'entrée2 ...
DESCRIPTION
Options de ligne de commande :
-e/--evalue evalue -- filtrer par evalue
-b/--bitscore bitscore -- filtrer par bitscore
--header -- indicateur booléen pour imprimer l'en-tête de colonne
-o/--out -- fichier de sortie facultatif pour écrire des données,
sinon écrira sur STDOUT
-h/--help -- affiche cette documentation
Techniquement pas un script SearchIO car il n'utilise aucun composant Bioperl mais est un
utile et rapide. La sortie est une sortie tabulaire.
séquence/domaine de requête (ceux-ci sont inversés pour hmmsearch / hmmpfam)
début de la requête
fin de la requête
nom de domaine/séquence ou adhésion PFAM
appuyez sur démarrer
toucher la fin
But
valeur électronique
nom de domaine/séquence (ceux-ci sont inversés pour hmmsearch / hmmpfam)
AUTEUR - Jason Stadjich
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Utilisez bp_hmmer_to_tablep en ligne à l'aide des services onworks.net
