cmtk-jidb - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

jidb - Corrige le mouvement entrelacé à l'aide d'un débrouillage itératif conjoint

SYNOPSIS

jidb [options] inImage outImage

DESCRIPTION

Cet outil divise une image d'entrée entrelacée en images de passage, les co-enregistre et
reconstruit une image corrigée par le mouvement

OPTIONS

Global Boîte à outils Options (celles-ci commun by TOUTE CMTK outils)
--Aidez-moi
Écrire la liste des options de ligne de commande de base sur la sortie standard.

--aide-à tous
Écrivez la liste complète des options de ligne de commande de base et avancées sur la sortie standard.

- Wiki
Écrire la liste des options de ligne de commande sur la sortie standard dans le balisage MediaWiki.

--homme
Écrire la source de la page de manuel dans le balisage « nroff » sur la sortie standard.

--version
Écrire la version de la boîte à outils sur la sortie standard.

--écho
Écrire la ligne de commande actuelle sur la sortie standard.

--niveau détaillé
Définir le niveau de verbosité.

--verbeux, -v
Incrémentez le niveau de verbosité de 1 (obsolète ; pris en charge pour la compatibilité descendante).

--threads
Définir le nombre maximum de threads parallèles (pour les threads POSIX et OpenMP).

entrelacement Options
--entrelacement-axe
Définir l'axe d'entrelacement : il s'agit du sens traversant de l'acquisition.
Valeurs prises en charge : "guess-from-input", "axial", "sagittal", "coronal", "interleave-x",
"interleave-y", "interleave-z", où la valeur par défaut est "deviner à partir de l'entrée", ou en utiliser un
du suivant:

--deviner à partir de l'entrée
Deviner à partir de l'image d'entrée [Ce is le défaut]

--axial, -a
Images axiales entrelacées

--sagittal, -s
Images sagittales entrelacées

--coronaire, -c
Images coronales entrelacées

--interleave-x, -x
Entrelacé le long de l'axe x

--entrelacement-y, -y
Entrelacé le long de l'axe y

--entrelacé-z, -z
Entrelacé le long de l'axe z

--passe , -p
Nombre de passes entrelacées [Défaut: 2]

--pass-poids , -W
Définir le poids de contribution pour un pass sous la forme 'pass:weight'

Mouvement Correction / Inscription Options
--image-de-référence , -R
Utilisez une image de référence haute résolution distincte pour l'enregistrement [Défaut: RIEN]

--enregistrement-métrique
Métrique de recalage pour l'estimation de mouvement par recalage image à image. Prise en charge
valeurs : "nmi", "mi", "cr", "msd", "cc", où la valeur par défaut est "msd", ou utilisez l'un des
Suivante à la suite:

--nmi
Utiliser les informations mutuelles normalisées pour l'enregistrement de référence

--mi Utiliser les informations mutuelles standard pour l'enregistrement de référence

--cr Utiliser le rapport de corrélation pour l'enregistrement de passage à la référence

--msd
Utiliser les différences quadratiques moyennes pour l'enregistrement de passage à la référence [Ce is le
défaut]

--cc Utiliser la corrélation croisée pour l'enregistrement de passage à la référence

--import-xforms-chemin
Chemin du fichier à partir duquel importer les transformations entre les passes. [Défaut: RIEN]

--export-xforms-chemin
Chemin du fichier vers lequel exporter les transformations entre les passes. [Défaut: RIEN]

Volume Injection Options
--injection-noyau-sigma , -S
Écart type du noyau gaussien pour l'injection de volume [Défaut: 1]

--injection-noyau-rayon , -r
Rayon de troncature du noyau d'injection [Défaut: 4]

Deblurring Options
--psf
Noyau pour la reconstruction par interpolation inverse Valeurs supportées : "box",
"gaussien", ou utilisez l'un des éléments suivants :

--boîte
PSF en forme de boîte

--gaussienne
PSF de forme gaussienne

--échelle psf
Définir le facteur d'échelle global pour la taille de la fonction d'étalement des points, qui est elle-même dérivée de
l'image d'entrée. [Défaut: 1]

Options
--erreur-de-quatrième-ordre, -f
Utilisez une erreur de quatrième ordre (plutôt que de deuxième ordre) pour l'optimisation.

--num-itérations , -n
Nombre maximum d'itérations d'interpolation inverse [Défaut: 20]

--pas de troncature, -T
Désactiver la troncature d'intensité régionale

--l-norm-poids
Définir le poids de contrainte pour la régularisation L-Norm de type Tikhonov (0 désactive la contrainte)
[Défaut: 0]

Sortie Options
--write-injected-image
Écrire l'image d'injection de volume initiale dans le chemin [Défaut: RIEN]

--write-images-as-float, -F
Écrire les images de sortie en virgule flottante [par défaut : identique à l'entrée]

AUTEURS

Torsten Rohlfing, avec les contributions de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff et Yaroslav Halchenko

Utilisez cmtk-jidb en ligne à l'aide des services onworks.net