Il s'agit de la commande delta-filter qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
delta-filter - lit un fichier d'alignement delta à partir de nucmer ou de promer et filtre le
alignements
SYNOPSIS
filtre delta [choix]
DESCRIPTION
-1 Alignement 1 à 1 permettant des réarrangements (intersection de -r ainsi que -q alignements)
-g Alignement global 1 à 1 ne permettant pas les réarrangements
-h Afficher les informations d'aide
-i flotter
Définir l'identité d'alignement minimale [0, 100], par défaut 0
-l int Définit la longueur d'alignement minimale, par défaut 0
-m Alignement plusieurs-à-plusieurs permettant des réarrangements (union de -r ainsi que -q alignements)
-q Mappe chaque position de chaque requête à son meilleur résultat dans la référence, permettant
chevauchements de référence
-r Mappe chaque position de chaque référence à son meilleur résultat dans la requête, permettant
chevauchement des requêtes
-u float Définit l'unicité d'alignement minimale, c'est-à-dire le pourcentage de
l'alignement correspondant à la référence unique ET la séquence de requête [0, 100], par défaut 0
-o flotter
Définissez le chevauchement d'alignement maximal pour -r ainsi que -q options en pourcentage du
longueur d'alignement [0, 100], par défaut 100
-v Imprimer les alignements supprimés au lieu de ceux qui passent les filtres
-b Duplications de cartes (XOR de -r ainsi que -q alignements, l'un ou l'autre mais pas les deux)
Lit un fichier d'alignement delta à partir de nucmer ou de promer et filtre les alignements en fonction
sur les commutateurs de ligne de commande, ne laissant que les alignements souhaités qui sont sortis vers
stdout dans le même format delta que l'entrée. Pour plusieurs commutateurs, ordre des opérations
est comme suit: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Si un alignement est exclu par un précédent
opération, il sera ignoré par les opérations suivantes.
Une distinction importante entre le -g option et le -1 ainsi que -m options est que -g
exige que les alignements soient mutuellement cohérents dans leur ordre, tandis que le -1 ainsi que -m
les options ne doivent pas nécessairement être cohérentes entre elles et donc tolérer les translocations,
inversions, etc. Dans les cas généraux, le -m l'option est le meilleur choix, cependant -1 peuvent être
pratique pour les applications telles que la recherche de SNP qui nécessitent un mappage 1 à 1. Enfin, pour
mapper des contigs de requête, ou des lectures de séquençage, à un génome de référence, utilisez -qL’
duplications imprimées avec le -b l'option sont -r ainsi que -q alignements qui ne sont pas présents dans
l'alignement 1 pour 1. Ces alignements font aussi la différence entre les -1 ainsi que -m
alignements
Utilisez delta-filter en ligne à l'aide des services onworks.net
