Il s'agit de la commande diffseqe qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
diffseq - Compare et rapporte les caractéristiques de deux séquences similaires
SYNOPSIS
séquence différentielle -une séquence séquence -bséquence séquence -taille de mot entier
[-différences globales booléen] -fichier de sortie rapport -aoutfait s'abattre -coup s'abattre
séquence différentielle -Aide
DESCRIPTION
séquence différentielle est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Alignement : Différences".
OPTIONS
Entrée
-une séquence séquence
-bséquence séquence
Requis
-taille de mot entier
Les régions similaires entre les deux séquences sont trouvées en créant une table de hachage de
sous-séquences 'wordsize'd. 10 est une valeur par défaut raisonnable. Augmenter cette valeur (20 ?)
peut accélérer légèrement le programme, mais signifiera que deux différences au sein
'wordsize' les uns des autres seront regroupés en une seule région de différence. Cette valeur
peut être réduit (4 ?) pour améliorer la résolution des différences proches, mais le
programme ira beaucoup plus lentement. Valeur par défaut : 10
Supplémentaire
-différences globales booléen
Normalement, ce programme trouvera des régions d'identité qui sont la longueur de la
taille de mot spécifiée ou plus et rapportera ensuite les régions de différence entre
ces régions correspondantes. Cela fonctionne bien et c'est ce que la plupart des gens veulent s'ils sont
travailler avec de longues séquences d'acides nucléiques qui se chevauchent. Vous n'êtes généralement pas intéressé
dans les extrémités non chevauchantes de ces séquences. Si vous avez des séquences de protéines ou de courtes
Cependant, pour les séquences d'ARN, vous serez intéressé par les différences aux extrémités. Ce
cette option est définie sur true, les différences aux extrémités seront également signalées.
Valeur par défaut : N
Sortie
-fichier de sortie rapport
-aoutfait s'abattre
Fichier pour la sortie des caractéristiques de la première séquence Valeur par défaut : $(asequence.name).diffgff
-coup s'abattre
Fichier pour la sortie des fonctionnalités de la deuxième séquence Valeur par défaut : $(bsequence.name).diffgff
Utilisez diffseqe en ligne en utilisant les services onworks.net
