Il s'agit de la commande digeste qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
digest - Rapports sur les sites de clivage de l'enzyme protéolytique des protéines ou des réactifs
SYNOPSIS
résumé -suite suite -mwdonnées fichier de données - menu liste -mono booléen -défavorisé booléen
-déguiser booléen -terminaux liste -chevauchement booléen -tous les partiels booléen
-fichier de sortie rapport
résumé -Aide
DESCRIPTION
résumé est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Protein:Motifs".
OPTIONS
Entrée
-suite suite
-mwdonnées fichier de données
Données de poids moléculaire pour les acides aminés Valeur par défaut : Emolwt.dat
Requis
- menu liste
Valeur par défaut : 1
-mono booléen
Valeur par défaut : N
Avancé
-défavorisé booléen
La trypsine ne coupera normalement pas après « KR » si elles sont suivies de l'un des « KRIFLP ».
Lys-C ne coupera normalement pas après 'K' s'il est suivi de 'P'. Arg-C ne
normalement coupé après 'R' s'il est suivi de 'P'. Le V8-bicarbe ne coupera normalement pas après
'E' s'il est suivi de l'un des 'KREP'. V8-phosph ne coupera normalement pas après 'DE' si
ils sont suivis de 'P'. La chymotrypsine ne coupera normalement pas après « FYWLM » si elles sont
suivi de « P ». Spécifier unfavorisé montre ces coupes défavorisées ainsi que le
les favorisés.
-déguiser booléen
Permet une digestion semi-spécifique et non spécifique. Cette option est particulièrement utile
pour générer des listes de séquences peptidiques pour l'identification de protéines en utilisant
spectrométrie de masse.
-terminaux liste
Valeur par défaut : 1
Sortie
-chevauchement booléen
Utilisé pour la digestion partielle. Affiche toutes les coupes des sites de coupe préférés plus 1..3, 2..4,
3..5 etc mais pas (par exemple) 2..5. Les chevauchements sont donc des fragments avec exactement un
site de coupe potentiel en son sein.
-tous les partiels booléen
Comme pour le chevauchement, mais les fragments contenant plus d'un site de coupure potentiel sont inclus.
-fichier de sortie rapport
Utilisez digeste en ligne en utilisant les services onworks.net
