Il s'agit du simulateur de commandes qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
dsimulator - générer des lectures synthétiques pour un génome aléatoire
SYNOPSIS
simulateur Genlen:double [-cdouble (20.)] [-bdouble (5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edouble (15)][-Mfilet]
DESCRIPTION
simulateur génère d'abord un faux génome de taille Genlen*1 Mo de long, qui a un biais AT de
-b. Il génère ensuite des lectures d'échantillons de longueur moyenne -m à partir d'une longueur log-normale
distribution avec écart type -s, mais ignore les lectures de longueur inférieure à -x. Il
recueille suffisamment de lectures pour couvrir le génome -c fois et présente -e fractionner les erreurs en
chaque lecture où le rapport des insertions, des suppressions et des substitutions est défini par défini
constantes INS_RATE (par défaut 73 %) et DEL_RATE (par défaut 20 %) dans generate.c. On peut
contrôler également la vitesse à laquelle les lectures sont sélectionnées à partir des brins avant et arrière en
en définissant la constante FLIP_RATE définie (par défaut 50/50). Les -r l'option sème l'aléatoire
générateur de nombres pour la génération du génome afin que l'on puisse générer de manière reproductible
le même génome sous-jacent à partir duquel échantillonner. Si ce paramètre est manquant, alors l'ID du travail
de l'invocation amorce le générateur de nombres aléatoires. La sortie est envoyée au standard
sortie (c'est-à-dire qu'il s'agit d'un tube UNIX). La sortie est au format Pacbio .fasta adapté comme entrée
à fasta2DB(1). Finalement, le -M L'option demande que les coordonnées à partir desquelles chaque lecture
a été échantillonné sont écrits dans le fichier indiqué, une ligne par lecture, encodé en ASCII.
Ce fichier "map" indique essentiellement où chaque lecture appartient à un assembly et est très
utile à des fins de débogage et de test. Si une paire de lecture est disons b,e alors si b < e le
read a été échantillonné à partir de [b,e] dans le sens direct, et si b > e à partir de [e,b] dans le sens
direction inverse.
Utiliser dsimulator en ligne à l'aide des services onworks.net
