Il s'agit de la commande ecoPCR qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ecoPCR - recherche d'hybridation de séquence et de taxonomie avec des amorces données
SYNOPSIS
écoPCR [choix] <nucléotidique motifs>
DESCRIPTION
ecoPCR est un logiciel PCR électronique développé par LECA et Helix-Project. Cela aide à
estimer la qualité des amorces de codes-barres.
OPTIONS
-a : Concentration de sel en M pour le calcul de Tm (0.05 M par défaut)
-c : Considérez que les séquences de la base de données sont [circulaires]
-d : [D]database : pour correspondre au format attendu, la base de données
doit d'abord être formaté par le ecoPCRFormat(1) programme. ecoPCRFormat(1) crée
trois types de fichiers :
.sdx : contient les séquences
.tdx : contient des informations concernant la taxonomie
.rdx : contient le rang de taxonomie
ecoPCR a besoin de tous les types de fichiers. En conséquence, vous devez écrire le radical de base de données
sans aucune prolongation. Par exemple /ecoPCRDB/gbmam
-D : Conserve le nombre spécifié de nucléotides de chaque côté de l'in silico
séquences amplifiées (y compris le fragment d'ADN amplifié plus les deux
séquences des amorces).
-e : [E]rror : max erreurs autorisées par oligonucléotide (0 par défaut)
-h : [A]elp - imprimer aider
-i : [I] ignore l'identifiant de taxonomie donné.
Les identifiants de taxonomie sont disponibles à l'aide du programme ecofind. voir son aide en tapant ecofind
-h pour plus d'information.
-k : [K]ingdom mode : définissez le mode royaume
mode super royaume par défaut.
-l : minimum [L]ength : définit la longueur minimale d'amplification.
-L : maximum [L]ength : définit la longueur d'amplification maximum.
-m : Méthode de correction du sel pour le calcul de Tm (SANTALUCIE : 1
ou OWCZARZY:2, par défaut=1)
-r : [R]limite la recherche à l'identifiant taxonomique donné.
Les identifiants de taxonomie sont disponibles à l'aide du programme ecofind. voir son aide en tapant ecofind
-h pour plus d'information.
premier argument : oligonucléotide pour brin direct
deuxième argument : oligonucléotide pour brin inverse
Description du résultat du tableau :
colonne 1 : numéro d'accession
colonne 2 : longueur de la séquence
colonne 3 : identifiant taxonomique
colonne 4 : rang
colonne 5 : identifiant taxonomique de l'espèce
colonne 6 : nom scientifique
colonne 7 : identifiant taxonomique du genre
colonne 8 : nom du genre
colonne 9 : identifiant taxonomique de la famille
colonne 10 : nom de famille
colonne 11 : identifiant taxonomique du super royaume
colonne 12 : nom du super royaume
colonne 13 : brin (direct ou inversé)
colonne 14 : premier oligonucléotide
colonne 15 : nombre d'erreurs pour le premier volet
colonne 16 : Tm pour l'hybridation de l'amorce 1 sur ce site
colonne 17 : deuxième oligonucléotide
colonne 18 : nombre d'erreurs pour le deuxième volet
colonne 19 : Tm pour l'hybridation de l'amorce 1 sur ce site
colonne 20 : longueur d'amplification
colonne 21 : séquence
colonne 22 : définition
Utilisez ecoPCR en ligne en utilisant les services onworks.net
