Il s'agit de la commande fa2dna qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fa2dna - formater la base de données fasta pour une utilisation avec ANFO
SYNOPSIS
fa2dna [ option | filet ]
DESCRIPTION
fa2dna lit un ou plusieurs fichiers au format fasta et les reformate dans une base de données adaptée
en anpho(1). Le ou les fichiers d'entrée peuvent contenir plusieurs séquences, et chaque séquence peut
être divisé en plusieurs contigs par un tronçon de Ns. Tous les codes d'ambiguïté IUPAC sont
entièrement pris en charge.
OPTIONS
-V, --version
Imprimer le numéro de version et quitter.
-o fichier, --output fichier
Écrire la sortie dans filet.filet devrait se terminer par .goutte, Parce anpho et certains en aval
les outils pourraient trébucher sur une extension différente. La valeur par défaut est le nom du génome avec
le .goutte extension.
-mN, --maxnN
Définit le nombre maximum de Ns à interpréter comme des codes d'ambiguïté IUPAC pour N; quelconque
un tronçon plus long est interprété comme une séparation des contigs. La valeur par défaut est 2.
-g nom, --génome nom
Définit le nom du génome sur prénom. Ce nom est stocké dans le fichier de sortie et sera
utilisé par anpho pour identifier le génome apparié dans sa sortie. Le génome doit être un
préfixe du nom du fichier de sortie pour permettre aux outils en aval de le trouver. Le nom
devrait être court, mais unique, quelque chose comme "hg18" ou "pt2" pour un humain ou un chimpanzé
les génomes fonctionneraient bien.
-d texte, --description texte
Ajoute texte comme description aux métadonnées. Ceci est purement informatif.
-v, --verbeux
Provoque l'impression d'un indicateur de progression.
Utilisez fa2dna en ligne en utilisant les services onworks.net
