Il s'agit de la commande fastq-multx qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastq-multx - ea-utils : remplacez % par l'identifiant du code-barres dans le fichier de codes-barres
SYNOPSIS
fastq-multix [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [compagnon.fq -o r2.%.fq]...
DESCRIPTION
fastq-multx : option invalide -- 'h' Option inconnue '-h'.
Version: 1.02.684
Les fichiers de sortie doivent contenir un signe '%' qui est remplacé par l'identifiant du code-barres dans les codes-barres
déposer. Le fichier de sortie peut être n/a pour supprimer les données correspondantes (utilisez-le pour le code-barres
lis)
Fichier de codes à barres (-B) ressemble à ça:
...
La valeur par défaut est de deviner le -bol or -éol basé sur des statistiques claires.
If -g est utilisé, alors son paramètre est une piste d'index, et les séquences qui se produisent fréquemment sont
utilisé.
If -l est utilisé, puis tous les codes-barres du fichier sont essayés et le *groupe* avec le *plus*
matchs est choisi.
Fichier de codes-barres groupés (-l or -L) ressemble à ça:
...
Les lectures appariées, si fournies, sont maintenues synchronisées
OPTIONS
-o FIL1 Fichiers de sortie (un par entrée, requis) -g SEQFIL Déterminer les codes-barres à partir de
lecture indexée SEQFIL -l BCFIL Déterminer les codes-barres à partir de n'importe quelle lecture, en utilisant BCFIL comme maître
liste -L BCFIL Déterminer les codes-barres à partir de , en utilisant BCFIL comme liste principale -B BCFIL
Utilisez les codes-barres du fichier spécifié, n'exécutez pas d'étape de détermination -b Force
début de ligne (5') pour la correspondance des codes-barres -e Forcer la fin de ligne (3') pour le batcode
assorti -t NUM Seuil de division pour la détermination automatique par facteur NUM (1), > 1 = plus
-G NAME Utiliser uniquement le(s) groupe(s) correspondant à NAME -x Ne coupez pas les codes-barres
avant d'écrire la destination -n Ne pas exécuter, imprimer simplement la liste des codes à barres probables
-v C Vérifiez que l'identifiant associé correspond au caractère C (utilisez ' ' pour illumina) -m N
Autoriser jusqu'à N discordances, tant qu'elles sont uniques (1) -d N Exiger un minimum
distance de N entre le meilleur et le meilleur suivant (2) -q N Requiert un phred minimum
qualité de N pour accepter une base de code-barres (0)
Utilisez fastq-multx en ligne en utilisant les services onworks.net
