Il s'agit de la commande fastx_quality_stats qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastx_quality_stats - Statistiques FASTX
DESCRIPTION
utilisation : fastx_quality_stats [-h] [-N] [-i INFILE] [-o OUTFILE] Fait partie de FASTX Toolkit 0.0.14
par A. Gordon ([email protected])
[-h] = Cet écran d'aide utile. [-i INFILE] = fichier d'entrée FASTQ. la valeur par défaut est
STDIN. [-o OUTFILE] = fichier de sortie TEXTE. la valeur par défaut est STDOUT. [-N] = Nouveau
format de sortie (avec plus d'informations par nucléotide/cycle).
Le *VIEILLE* sortie TEXTE filet vont avons le Abonnement des champs (une rangée / colonne):
colonne = numéro de colonne (1 à 36 pour un fichier solexa en lecture 36 cycles)
count = nombre de bases trouvées dans cette colonne.
min = Valeur de score de qualité la plus basse trouvée dans cette colonne.
max = Valeur de score de qualité la plus élevée trouvée dans cette colonne.
sum = Somme des valeurs de score de qualité pour cette colonne.
moyenne = valeur moyenne du score de qualité pour cette colonne.
Q1 = score de qualité du 1er quartile.
med = score de qualité médian.
Q3 = score de qualité du 3e quartile.
IQR = Intervalle inter-quartile (Q3-Q1).
lW = valeur 'Left-Whisker' (pour le boxplotting).
rW = valeur 'Right-Whisker' (pour le boxplotting).
A_Count = Nombre de nucléotides 'A' trouvés dans cette colonne. C_Count = nombre de 'C'
nucléotides trouvés dans cette colonne. G_Count = Nombre de nucléotides 'G' trouvés dans ce
colonne. T_Count = Nombre de nucléotides 'T' trouvés dans cette colonne. N_Count = Compte
de 'N' nucléotides trouvés dans cette colonne. nombre max = max. nombre de bases (au total
cycles)
Le *NOUVEAU* sortie Format:
cycle (précédemment appelé 'colonne') = nombre de cycle max-count Pour chaque nucléotide dans
le cycle (TOUS/A/C/G/T/N) :
count = nombre de bases trouvées dans cette colonne.
min = Valeur de score de qualité la plus basse trouvée dans cette colonne.
max = Valeur de score de qualité la plus élevée trouvée dans cette colonne.
sum = Somme des valeurs de score de qualité pour cette colonne.
moyenne = valeur moyenne du score de qualité pour cette colonne.
Q1 = score de qualité du 1er quartile.
med = score de qualité médian.
Q3 = score de qualité du 3e quartile.
IQR = Intervalle inter-quartile (Q3-Q1).
lW = valeur 'Left-Whisker' (pour le boxplotting).
rW = valeur 'Right-Whisker' (pour le boxplotting).
Utilisez fastx_quality_stats en ligne en utilisant les services onworks.net
