Il s'agit de la commande FCluster qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
AmpliconNoise - supprime le bruit des données de séquence de nucléotides à haut débit
VERSION
Cette documentation fait référence à la version 1.22
SYNOPSIS
See /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz pour plus de détails sur la façon de fonctionner.
DESCRIPTION
Les outils suivants sont inclus. La plupart d'entre eux ont un équivalent MPI, par exemple
SeqNoise a un équivalent SeqNoiseM qui peut être utilisé avec mpirun.
FastaUnique - déréplique le fichier fasta
-in string nom du fichier d'entrée
Options:
Fcluster
-dans le nom du fichier d'entrée de distance de chaîne
-out string fichier de sortie
Options:
-r résolution
-une liaison moyenne
-w utilise des poids
-je lis les identifiants
-s échelle dist.
NDiste - matrice de distance de séquence Needleman-Wunsch par paire à partir d'un fichier fasta
-in string nom de fichier fata
Options:
-i identificateurs de sortie
Persée - tue des monstres
-sin string seq nom du fichier
Options:
-tin fichier de séquence de référence de chaîne
-a alignements de sortie
-d utiliser le déséquilibre
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
PyroDiste - matrice de distance par paire à partir des flowgrams
-dans le nom du fichier de flux de chaîne
-out stub out fichier stub
Options:
-ni pas d'index dans le fichier dat
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
PyroBruit - clusters flowgrams sans alignements
-din nom du fichier de flux de chaîne
-out nom du fichier d'entrée du cluster de chaînes
-lin fichier de liste de chaînes
Options:
-v verbeux
-c double coupure initiale
-ni pas d'index dans le fichier dat
-s double précision
-rin nom du fichier de recherche de fichier
DistSéq - matrice de distance par paire à partir d'un fichier fasta
-dans la chaîne fasta nom de fichier
Options:
-i identificateurs de sortie
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
Bruit de séquence - séquences de clusters
-dans le nom du fichier de séquence de chaînes
-din chaîne distance matrice nom du fichier
-out nom du fichier d'entrée du cluster de chaînes
-lin fichier de liste de chaînes
Options:
-min fichier de mappage
-v verbeux
-c double coupure initiale
-s double précision
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
DiviserClusterPair
-din chaîne dat nom de fichier
-min nom de fichier de mappage de chaîne
-tin nom de fichier de l'arborescence des chaînes
-s taille fractionnée
-m taille minimale
Utilisez FCluster en ligne à l'aide des services onworks.net
