Il s'agit de la commande fuzznuce qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fuzznuc - Recherche de motifs dans les séquences nucléotidiques
SYNOPSIS
fuzznuc -séquence suite -modèle modèle -complément booléen -fichier de sortie rapport
fuzznuc -Aide
DESCRIPTION
fuzznuc est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:Motifs".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
-modèle modèle
Les codes à une lettre standard IUPAC pour les nucléotides sont utilisés. Le symbole 'n' est
utilisé pour une position où n'importe quel nucléotide est accepté. Les ambiguïtés sont signalées par
énumérant les nucléotides acceptables pour une position donnée, entre parenthèses carrées '[
]'. Par exemple : [ACG] signifie A ou C ou G. Les ambiguïtés sont également indiquées par
liste entre une paire d'accolades '{ }' les nucléotides qui ne sont pas acceptés
à une position donnée. Par exemple : {AG} représente tous les nucléotides sauf A et G. Chaque
élément dans un motif est séparé de son voisin par un "-". (En option dans fuzznuc).
La répétition d'un élément du motif peut être indiquée en suivant cet élément
avec une valeur numérique ou une plage numérique entre parenthèses. Exemples: N(3)
correspond à NNN, N(2,4) correspond à NN ou NNN ou NNNN. Lorsqu'un motif est
limité à l'extrémité 5' ou 3' d'une séquence, ce motif commence soit par un
Le symbole '<' ou se termine respectivement par un symbole '>'. Une période termine le modèle.
(En option dans fuzznuc). Par exemple, [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Avancé
-complément booléen
Valeur par défaut : N
Sortie
-fichier de sortie rapport
Utilisez fuzznuce en ligne en utilisant les services onworks.net
