Il s'agit de la commande gap5 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gap5 - Programme d'assemblage du génome (partie du package staden)
SYNOPSIS
écart5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
DESCRIPTION
Gap5 est un programme d'assemblage du génome. Le programme contient tous les outils qui seraient
attendu d'un programme d'assemblage plus de nombreuses fonctionnalités uniques et un très facile à utiliser
interface. La version originale a été décrite dans Bonfield,JK, Smith,KF et Staden,R. UNE
nouveau programme d'assemblage de séquences d'ADN. Acides nucléiques Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 est très grand et puissant. Tout le monde utilise un sous-ensemble d'options et a sa
façon préférée d'y accéder et de les utiliser. Bien qu'il y en ait beaucoup, les utilisateurs sont
encouragés à parcourir l'ensemble de la documentation une fois, juste pour découvrir ce qui est
possible et de la manière qui convient le mieux à leur propre travail. À tout le moins, l'ensemble de cette
Le chapitre d'introduction doit être lu, car à long terme, cela vous fera gagner du temps.
OPTIONS
-ro Lecture seule
-maxseq N
Longueur totale maximale initiale du consensus
-maxdb N
Nombre maximum initial de contigs + lectures
-(non_)vérifier
(Ne pas) exécuter Vérifier la base de données lors de l'ouverture de la base de données
-(no_)exec_notes
(Ne pas) exécuter les notes OPEN/CLOS lors de l'ouverture de la base de données
-(no_)rawdata_note
(Ne pas) utiliser RAWD note au lieu de RAWDATA env. variable
-(non_)csel
(Ne pas) démarrer le sélecteur de contig lors de l'ouverture de la base de données
-afficher
X Affichage à utiliser
-taille en bits N
Spécifie la taille en bits du fichier aux pour les nouvelles bases de données (32/64)
-sync Utiliser le mode synchrone pour le serveur d'affichage (débogage)
-- Fin de la liste des arguments
Utilisez gap5 en ligne en utilisant les services onworks.net
