Il s'agit de la commande gdcm2vtk qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gdcm2vtk - Convertit un fichier pris en charge par VTK en DICOM.
SYNOPSIS
gdcm2vtk [options] entrée de fichier sortie de fichier
DESCRIPTION
La gdcm2vtk prend en entrée tout fichier pris en charge par VTK (y compris le fichier DICOM) et
générer en sortie un fichier DICOM.
PARAMETRES
nom de fichier d'entrée de fichier (DICOM ou VTK pris en charge)
nom de fichier de sortie de fichier (DICOM ou VTK pris en charge)
OPTIONS
groupe de neurones Options
--force-rescale force le redimensionnement.
--force-espacement espacement des forces.
--palette-color, lorsqu'il est pris en charge, génère un fichier PALETTE COLOR.
--argb lorsqu'il est pris en charge, génère un fichier ARGB.
--compress lorsqu'il est pris en charge génère un fichier compressé.
--use-vtkdicom Utilisez vtkDICOMImageReader (au lieu de GDCM).
--modality set Modalité.
--lower-left mis en bas à gauche.
--shift définir le décalage.
--scale définir l'échelle.
--compress set de compression (MetaIO).
-T --study-uid UID de l'étude.
-S --series-uid UID de la série.
--root-uid UID racine.
compression Options
-J --jpeg Compresser l'image au format jpeg.
-K --j2k Compresser l'image en j2k.
-L --jpegls Compresser l'image en jpeg-ls.
-R --rle Compresser l'image dans rle (sans perte uniquement).
général Options
-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter
-v --version
imprimer les informations sur la version et quitter
-V --verbeux
mode verbeux (avertissement+erreur).
-W --avertissement
mode d'avertissement, imprimer les informations d'avertissement
-E --erreur
mode d'erreur, imprimer les informations d'erreur
-D --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage
sûr, heureux et sain variable
GDCM_ROOT_UID UID racine
DESCRIPTION
Convertissez un fichier pris en charge par VTK en DICOM.
L'utilisation typique est :
$ gdcm2vtk fichier d'entrée sortie.dcm
Il utilise le mécanisme d'usine interne de VTK pour reconnaître un fichier (fonction CanRead). Voir
Fichier pris en charge par VTK ici :
Quels formats de fichiers image VTK peut-il lire et écrire ? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ#What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F
Si votre fichier d'entrée a 4 composants, la 4ème composition (alpha) sera supprimée de la sortie
car DICOM ne prend plus en charge le composant alpha (voir l'option –argb).
Un soin particulier a été apporté au format de fichier suivant :
1. DICOM : les cosinus de direction et vtkMedicalImageInformation sont transmis à la sortie
2. BMP : Le fichier peut être enregistré avec une table de recherche (voir --palette-color)
3. GE Signa : vtkMedicalImageProperties est transmis à la sortie
4. MINC : les cosinus de direction sont transmis à la sortie
5. TIFF : vtkTIFFReader est actuellement en mauvais état dans VTK (comportement différent dans VTK 5.2 et git/master). Ne l'utilisez que si vous savez ce que vous faites.
CONVERTIR MétaImage (mhd, mha)
$ gdcm2vtk fichier d'entrée output.mha
Cette commande convertira le fichier DICOM d'entrée : inputfile en un fichier MetaImage .mha. Même
va pour le fichier .mhd.
CONVERTIR MHA/MHD
$ gdcm2vtk fichier d'entrée output.mha
or
$ gdcm2vtk fichier d'entrée output.mhd
Cette commande convertira le fichier DICOM d'entrée : inputfile en un MetaImageData .mha/.mhd
fichier.
CONVERTIR VTI
$ gdcm2vtk fichier d'entrée sortie.vti
Cette commande convertira le fichier DICOM d'entrée : inputfile en XML VTK ImageData .vti
fichier.
CONVERTIR VTK
$ gdcm2vtk fichier d'entrée sortie.vtk
Cette commande convertira le fichier DICOM d'entrée : inputfile en un ancien VTK Structuré
Fichier .vtk d'ensembles de points.
CONVERTIR DICOM
$ gdcm2vtk entrée.dcm sortie.dcm
vtkGDCMImageReader sera utilisé pour lire dans un fichier DICOM, pas la valeur par défaut
vtkDICOMImageReader. Voir l'option –use-vtkdicom pour utiliser vtkDICOMImageReader.
ALLER-RETOUR DICOM À MHD À DICOM
$ gdcm2vtk input_ybr.dcm sortie.mhd
$ gdcm2vtk --modality US --imageformat 7 sortie.mhd sortie.dcm
La refsection ci-dessus montre comment convertir un DICOM en utilisant l'interprétation photométrique de
YBR_FULL (ou même YBR_FULL_422 est avec perte) dans un autre format de fichier : MetaImage (mhd). Depuis
ce format de fichier ne gère pas l'espace colorimétrique, nous devons le définir explicitement en utilisant le
Option de ligne de commande –imageformat. L'option de ligne de commande –modality est requise dans ce
cas, car la famille de classes de stockage d'images de capture secondaire par défaut n'autorise pas YBR
Interprétation photométrique.
GDCM2VTK NOTES
NOTE IMPORTANTE : La structure interne du VTK sera renseignée à partir du DICOM d'entrée, puis
passer à l'écrivain DICOM de sortie. Certaines informations peuvent être perdues lors de la conversion
DICOM à VTK à DICOM. Cette option est principalement utilisée pour tester le
Combinaison vtkGDCMImageReader/vtkGDCMImageWriter.
REMARQUE IMPORTANTE : lors de la conversion à partir d'un format avec perte tel que JPEG, les informations de
la perte est importante. La sortie DICOM contiendra l'image avec perte requise
Attribut de compression qui indique que l'image a été compressée avec perte quelque part le long de la
pipeline. Voir aussi gdcmimg (meilleure gestion du JPEG en général).
REMARQUE IMPORTANTE : lors de l'utilisation de –use-vtkdicom, le fichier DICOM de sortie sera toujours écrit sous la forme
Stockage d'images MR car ces informations ne sont pas disponibles à partir du lecteur lui-même. Cela permet
régler correctement l'orientation de l'image (Patient).
Utilisez gdcm2vtk en ligne en utilisant les services onworks.net
