genome-music-bmr-calc-wig-covgp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

genome music bmr calc-wig-covg - Compter les bases couvertes par gène pour chaque piste de wiggle donnée
fichier de format.

VERSION

Ce document décrit la musique du génome bmr calc-wig-covg version 0.04 (2016-01-01 à
23: 10: 18)

SYNOPSIS

musique du génome bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?

Utilisation générale :

... musique bmr calc-wig-covg \
--wig-list rép_entrée/liste_perruque \
--rép-sortie rép_sortie/ \
--reference-sequence rép_entrée/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

EST REQUIS ARGUMENTS

fichier roi Texte
Liste délimitée par des tabulations de ROI [chr start stop gene_name] (voir description)

séquence-référence Texte
Chemin d'accès à la séquence de référence au format FASTA

liste de perruques Texte
Liste délimitée par des tabulations de fichiers WIG [sample_name wig_file] (voir la description)

rép_sortie Texte
Répertoire où les fichiers de sortie et les sous-répertoires seront écrits

DESCRIPTION

Ce script compte les bases avec une couverture suffisante dans les ROI de chaque gène à partir de
agiter les fichiers au format de piste et les catégorise en - AT, CG (non-CpG) et nombres CpG.
Il additionne également ces nombres de bases sur tous les retours sur investissement de chaque gène pour chaque échantillon, mais
les bases couvertes qui se trouvent dans des ROI qui se chevauchent ne sont pas comptées plus d'une fois dans
ces comptes totaux.

ARGUMENTS

--roi-fichier
Les régions d'intérêt (ROI) de chaque gène sont généralement des régions ciblées pour
séquençage ou sont des loci d'exons fusionnés (à partir de plusieurs transcrits) de gènes avec 2 pb
flancs (jonctions d'épissure). Pour les comptages de bases par gène, une base chevauchante sera
compté à chaque fois qu'il apparaît dans un ROI du même gène. Pour éviter cela, assurez-vous de
fusionner les ROI qui se chevauchent du même gène. Le mergeBed de BEDtools peut aider s'il est utilisé
par gène.
--référence-séquence
La séquence de référence au format FASTA. Si un index de séquence de référence n'est pas trouvé
à côté de ce fichier (un fichier .fai), il sera créé.
--liste de perruques
Fournissez un fichier contenant les noms d'échantillons et les emplacements des fichiers de format de piste wiggle pour
chaque. Utilisez le format délimité par des tabulations [sample_name wig_file] par ligne. Colonnes supplémentaires
comme les données cliniques sont autorisées, mais ignorées. Le sample_name doit être le même que le
les noms des échantillons de tumeur utilisés dans le fichier MAF (16e colonne, avec l'en-tête
Tumor_Sample_Barcode).
--rép-sortie
Spécifiez un répertoire de sortie dans lequel les éléments suivants seront créés/écrits : roi_covgs :
Sous-répertoire contenant les décomptes de base couverts par ROI pour chaque échantillon. gene_covgs :
Sous-répertoire contenant le nombre de bases couvertes par gène pour chaque échantillon. total_covgs :
Fichier contenant les couvertures globales sans chevauchement par échantillon.

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